擬南芥轉(zhuǎn)錄因子WRKY超家族進(jìn)化分析.pdf

1、目的：廣泛的研究擬南芥中WRKY轉(zhuǎn)錄因子，以期發(fā)現(xiàn)該家族成員在擬南芥中進(jìn)化機(jī)制。為最終闡明該家族成員在整個(gè)植物界的進(jìn)化規(guī)律奠定基礎(chǔ)。 方法從TAIR網(wǎng)站下載擬南芥的基因組序列，采用BLASTN和TBALSTN搜索工具和WRKY的搜索基因組序列，并對(duì)結(jié)果進(jìn)行ORF預(yù)測(cè)；獲得的cDNA序列對(duì)NCBI的Map的Viewer和TAIR的MapViewer進(jìn)行染色體的定位；根據(jù)TIGR提供的數(shù)據(jù)，對(duì)內(nèi)含子和外現(xiàn)子的結(jié)構(gòu)手工校正及相位進(jìn)行分

2、析；根據(jù)SMART蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)分析，同時(shí)采用Interpro數(shù)據(jù)庫(kù)以及SWISSproein數(shù)據(jù)庫(kù)輔助數(shù)據(jù)分析對(duì)WRKY基因的進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析；WRKY基因的系統(tǒng)樹構(gòu)建選取編碼保守域的氨基酸。所有的序列用Clustal1.8進(jìn)行多重比較，比較的結(jié)果用Neighbor-joining(NJ)的建樹方法進(jìn)行系統(tǒng)樹構(gòu)建，Gap的去處采用比對(duì)去除，氨基酸的替換模型采用PossionCorrection方法，同時(shí)考慮Gamma距離，Gamma系數(shù)的估

3、計(jì)采用Yang的方法，建樹工具位MEGA3，對(duì)于樹的評(píng)估采用BootStrap法，共重復(fù)1000次。 結(jié)果：(1)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索的結(jié)果一共獲得78個(gè)不同的可能編碼蛋白質(zhì)的cDNA，且發(fā)現(xiàn)在Somssich報(bào)告的數(shù)據(jù)中，WRKY38(At5g22570)的序列證明有誤； (2)繪制了ATWRKY基因的蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)圖，首次發(fā)現(xiàn)在ATWRKY48，ATWRKY49，ATWRKY72存在LeucineZip結(jié)構(gòu)； (3)

4、對(duì)ATWRKY基因的基因組進(jìn)行定位、內(nèi)含子進(jìn)行相位分析、ATWRKY基因的進(jìn)化樹分析，表明在擬南芥的WRKY基因進(jìn)化中存在大量的基因復(fù)制的現(xiàn)象，進(jìn)而經(jīng)過(guò)功能的分化，從而形成一個(gè)超級(jí)家族，其進(jìn)化的形式多樣，有可能有轉(zhuǎn)位的基因，也有可能有染色體的復(fù)制；WRKY基因在經(jīng)過(guò)基因的復(fù)制之后的分化過(guò)程中，不僅獲得了新的啟動(dòng)子，同時(shí)整合了其他的功能域。 結(jié)論：1.WRKY基因主要通過(guò)基因復(fù)制的方式快速進(jìn)化 2.WRKY基因通過(guò)整合不同