人類選擇性剪接基因與選擇性啟動子關(guān)聯(lián)的系統(tǒng)分析.pdf

1、基因選擇性剪接和基因調(diào)控區(qū)啟動子的選擇性使用是真核生物兩個極其重要的基因微調(diào)機(jī)制，在促使蛋白質(zhì)功能多樣化和產(chǎn)生生物復(fù)雜性上都能起到十分重要的作用。這兩個相似的調(diào)控機(jī)制為什么會同時存在?啟動子的選擇性使用是否與選擇性剪接有著潛在的內(nèi)在聯(lián)系?到目前為止仍然還不十分清晰。為了揭示選擇性啟動子的使用與基因選擇性剪接之間可能存在的相關(guān)性，以及闡明選擇性性啟動子的特征和潛在的調(diào)控功能，在本文中我們利用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)的理論與方法對3，797

2、個人類選擇性剪接基因的9，908個選擇性啟動子進(jìn)行了系統(tǒng)的分析，并與非選擇性剪接基因進(jìn)行了比較研究。我們著重對選擇性剪接基因中的選擇性啟動子的CpG島、TATA盒、GC含量、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(TFBSs)和重復(fù)元件等特征進(jìn)行了詳細(xì)地研究。
　　 主要的研究結(jié)果如下：
　　 1.65％的選擇性剪接基因含有多個選擇性啟動子，與所有人類編碼基因相比比例明顯要多。這表明選擇性啟動子與選擇性剪接之間存在顯著的相關(guān)。
　　

3、2.統(tǒng)計分析表明，選擇性剪接基因所產(chǎn)生的變體數(shù)與選擇性啟動子個數(shù)之間呈正相關(guān)性。這證實(shí)了選擇性啟動子與選擇性剪接之間存在一定的關(guān)聯(lián)。
　　 3.平均每個選擇性剪接基因含有2.6個選擇性啟動子，這比前人報道的每個人類編碼基因平均含有的選擇性啟動子數(shù)要少。
　　 4.在人類選擇性剪接基因中分別有87％和90％的選擇性啟動子不含CpG島和TATA盒。
　　 5.在選擇性剪接基因的選擇性啟動子中轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)下游的GC含量

4、整體要比上游高(58％vs53％)，而且GC含量與選擇性啟動子的個數(shù)之間呈負(fù)相關(guān)。
　　 6.不同的選擇性啟動子含有不同數(shù)量的重復(fù)元件和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，揭示選擇性啟動子對基因選擇性剪接的調(diào)控起到了十分重要的作用。
　　 7.選擇性剪接基因在染色體上的分布對選擇性啟動子的個數(shù)和選擇性剪接可產(chǎn)生的變體數(shù)也存在一定的影響。
　　 綜上所述，選擇性啟動子與選擇性剪接之間存在緊密的聯(lián)系，選擇性啟動子在基因選擇性剪接中起到