人類分子相互作用在線資源及多物種的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具的建立.pdf

1、第二代測序技術(shù)為生物學(xué)家提供了海量的實驗數(shù)據(jù)，許多新的分析方法應(yīng)運而生。其中，應(yīng)用最為廣泛的是基于基因注釋的富集分析方法，而這一方法的局限性在于，它只是觀察基因集本身的功能，并沒有考慮基因之間的相互作用也會對生物表型造成影響，并且這種分析方法無法解釋實驗中觀察到的新的生物表型。為此，我們探索了新的分析方法，通過衡量基因集之間的相互作用強弱來判斷兩個基因集是否具有功能上的關(guān)聯(lián)，從而描述待分析基因集的功能。
　　基因集功能關(guān)聯(lián)分析方法

2、需要一個對生物完整相互作用組有足夠覆蓋度的功能相互作用網(wǎng)絡(luò)。在果蠅、線蟲、酵母中，通過實驗得到的分子相互作用數(shù)量較多，足以覆蓋大部分的生命活動。而在人類、擬南芥、水稻、小鼠等物種中，實驗得到的分子相互作用數(shù)量較少，不足以覆蓋生命活動的重要通路。為此，我們使用的是通過預(yù)測得到的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，以其為依據(jù)來構(gòu)建基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具。
　　為了獲得高質(zhì)量的預(yù)測分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，我們通過整合側(cè)面證據(jù)的方法，建立了具有一定覆蓋度的人類分

3、子相互作用網(wǎng)絡(luò)。通過這種方式建立的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)具有很高的準(zhǔn)確性及特異性。以此為依據(jù)，我們建立了人類分子相互作用在線資源數(shù)據(jù)庫，以供生物學(xué)家使用。
　　在人類和擬南芥中，我們依據(jù)已建立的預(yù)測分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，建立了人類和擬南芥的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具，并用其對已報道的部分實驗數(shù)據(jù)進行了案例分析，取得了很好的成果。為了讓基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具能覆蓋更多的物種，在果蠅、線蟲、酵母中，我們使用了通過實驗得到的分子相互作用網(wǎng)絡(luò);在水稻、