基于千里光全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)的表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)與HsP90-3生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的：構(gòu)建千里光葉片組織全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)，并對(duì)該文庫(kù)進(jìn)行隨機(jī)克隆測(cè)序及分析，部分基因進(jìn)行生物信息學(xué)研究，以期了解千里光的功能基因組學(xué)信息，并為EST-SSRs(simple sequence repeats，簡(jiǎn)單序列重復(fù))引物的開(kāi)發(fā)及ESTs(expressed sequence tags，表達(dá)序列標(biāo)簽)圖譜構(gòu)建提供基礎(chǔ)資料。
　　 方法：采用Trizol法提取千里光新鮮葉片組織中的總RNA，通過(guò)SMART(SwitchingM

2、echanism At5’end of RNA Transcript)技術(shù)構(gòu)建全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)；分析文庫(kù)滴度、庫(kù)容、重組率、全長(zhǎng)率及冗余率，隨機(jī)選擇600個(gè)單克隆進(jìn)行全長(zhǎng)cDNA測(cè)序；利用NCBI的Blast進(jìn)行核苷酸序列比對(duì)，SUmDNAMAN、Expasy Protparam、PROSITE、ProScale、CPHmodels-3.0、Swiss-model等軟件對(duì)目的蛋白進(jìn)行生物信息學(xué)分析。
　　 結(jié)果：
　　

3、(1)經(jīng)檢測(cè)原始文庫(kù)的庫(kù)容為4.3×106cfu，文庫(kù)滴度為1.3×106cfu/mL，插入片段大小平均1.5 kb，文庫(kù)重組率96.35％，冗余率10.88％，全長(zhǎng)率為64.00％，滿足全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)質(zhì)量要求。
　　 (2)測(cè)序得到244條高質(zhì)量ESTs，含有244條獨(dú)立基因(unigenes)。Blast比對(duì)后得出133條序列沒(méi)有注解，80條序列與GenBank上公布的序列有較高同源性。
　　 測(cè)序得到的524條高

4、質(zhì)量cDNA序列中，含有467條unigenes，其中5條序列與千里光次生代謝產(chǎn)物的合成、運(yùn)輸與代謝有關(guān)。
　　 (3)通過(guò)單克隆全長(zhǎng)測(cè)序得到了千里光Hsp90-3(Heat shock proteins90-3，熱激蛋白90-3)的全長(zhǎng)基因，采用生物學(xué)軟件對(duì)序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析和功能預(yù)測(cè)，結(jié)果表明，該基因編碼699個(gè)氨基酸的多肽，與擬南芥Hsp90-3(登錄號(hào)：NP_200412.1)的同源性最高，為93.71％；預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)

5、的分子量為79.78 kDa，理論等電點(diǎn)為5.08。信號(hào)序列分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)，該蛋白主要定位于細(xì)胞的細(xì)胞核、過(guò)氧化物酶體、葉綠體類囊體膜及葉綠體基質(zhì)中。
　　 結(jié)論：(1)SMART技術(shù)能有效構(gòu)建高質(zhì)量全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)，該文庫(kù)可用于千里光功能基因組鑒定、新基因篩選及次生代謝產(chǎn)物生物合成的表達(dá)調(diào)控研究。
　　 (2)通過(guò)對(duì)得到的千里光的功能基因進(jìn)行分析及預(yù)測(cè)，結(jié)果表明所獲得的千里光的功能基因多表現(xiàn)與千里光生理特征或合成相關(guān)的各