HIV-1整合酶分子對接和分子動力學模擬.pdf

1、HIV-1整合酶是艾滋病病毒復制過程中不可缺少的一種酶，所以整合酶是一個尋找治療HIV藥物的理想靶點。在所報道的整合酶抑制劑中，β-二酮酸類化合物作為一系列抑制性較好的配體分子，現(xiàn)在已經有藥物進入了臨床研究。本文根據(jù)文獻報道的7個對HIV-1整合酶的鏈轉移反應有抑制性能的二酮酸類似物，用分子對接方法、分子動力學(MD)模擬方法研究它們的結合模式、結合強度等。論文主要包含以下幾個方面的工作：
　　 用分子動力學方法對兩個HIV-1

2、整合酶體系進行溶液動力學模擬，其中另一個不含金屬離子，而另一個含有Mg2+，得到了整合酶的合理構型，通過對模擬軌跡的分析，闡明了Mg2+的存在對體系活性中心區(qū)域起著穩(wěn)定的作用。
　　 用分子對接方法研究二酮酸類似物與HIV-1整合酶的相互作用。研究發(fā)現(xiàn)，含Mg2+的整合酶體系比不含Mg2+的整合酶體系對接效果要好。對接性能較好的抑制劑有兩種結合模式，一種是以酮-烯醇式部分為結合位點與Mg2+發(fā)生螯合作用，另一種是以羧酸或者磺內酰