豬胎盤(pán)發(fā)育后期基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)學(xué)及生物信息學(xué)分析.pdf

1、后基因組時(shí)代，表達(dá)譜基因芯片技術(shù)被廣泛應(yīng)用。表達(dá)譜基因芯片的實(shí)驗(yàn)技術(shù)的研究已經(jīng)成熟，而尋找差異表達(dá)基因的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法和表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析方法雖然有一定的發(fā)展，但是還存在很多的不足。本研究以豬胎盤(pán)發(fā)育后期表達(dá)譜基因芯片數(shù)據(jù)為研究對(duì)象，采用了方差分析法和貝葉斯法兩種方法進(jìn)行了差異表達(dá)基因的篩選，并利用芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行了基因注釋，聚類分析，Pathway分析。本研究的主要結(jié)果如下：
　　 1.運(yùn)用方差分析法對(duì)豬胎盤(pán)發(fā)育后期差異表

2、達(dá)基因進(jìn)行了篩選。其中，胎盤(pán)發(fā)育75天的二花臉豬(E75)和大白豬(L75)中篩選到胎盤(pán)差異表達(dá)基因90個(gè)，二花臉豬相對(duì)大白豬上調(diào)表達(dá)的有35個(gè)，下調(diào)表達(dá)的有55個(gè)；胎盤(pán)發(fā)育90天的二花臉(E90)和大白豬(L90)中篩選到差異表達(dá)基因319個(gè)，二花臉豬相對(duì)大白豬上調(diào)表達(dá)的有135個(gè)，下調(diào)表達(dá)的有184個(gè)。
　　 2.運(yùn)用貝葉斯方法對(duì)豬胎盤(pán)發(fā)育后期差異表達(dá)基因進(jìn)行了篩選。E75和L75中篩選到差異表達(dá)基因271個(gè)，二花臉豬相對(duì)大

3、白豬上調(diào)表達(dá)的有108個(gè)，下調(diào)表達(dá)的有163個(gè)；E90和L90中篩選到差異表達(dá)基因538個(gè)，其中二花臉豬相對(duì)大白豬上調(diào)表達(dá)的有256個(gè)，下調(diào)表達(dá)的有282個(gè)。
　　 3.對(duì)兩種統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行了比較研究。將E75和L75組中使用方差分析法篩選到的90個(gè)差異表達(dá)基因和使用貝葉斯方法篩選到的271個(gè)基因進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn)，兩種方法都包含的基因有61個(gè)。將E90和L90組中使用方差分析法篩選到的319個(gè)差異表達(dá)基因和使用貝葉斯方法篩選到的538

4、個(gè)基因比較發(fā)現(xiàn)，兩種方法都包含的基因有247個(gè)。
　　 4.差異表達(dá)的基因按照分子功能進(jìn)行分類的結(jié)果顯示，E75和L75組中，主要的類別有細(xì)胞生理過(guò)程(58.6％)，細(xì)胞通信(22.5％)，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(20％)，發(fā)育(16.7％)，以及器官生理過(guò)程(16.7％)。E90 and L90組中，主要的類別有細(xì)胞通信(21.6％)，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(19.2％)，發(fā)育16.1％)，器官生理過(guò)程(14.1％)，以及生物多聚體修飾(10.2％)。<

5、br>　　 5.聚類分析結(jié)果顯示不同的發(fā)育時(shí)期先聚，然后不同的品種再聚。而基因則分成6個(gè)具有相似表達(dá)模式的類別。
　　 6.挑選了9個(gè)基因?qū)煞N分析方法(方差法和貝葉斯法)進(jìn)行了Q-PCR驗(yàn)證。其中，方差分析法分析結(jié)果中有8個(gè)基因(ALDH1A1，DIO3，DIRAS3，PON2，ASCL2，WIF1，VEGF，DCN)具有顯著性，SLC38a4沒(méi)有顯著性；貝葉斯方法分析結(jié)果中有6個(gè)基因(ALDH1A1，DIO3，DIRAS3