計算機模擬技術(shù)在生化動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用.pdf

1、隨著系統(tǒng)生物學(xué)的迅猛發(fā)展，各類不同生化動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)逐漸被人們所認識和重視(如代謝控制網(wǎng)絡(luò)、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)等)。然而這些網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性使得人們難以從實驗方面直觀了解其功能和作用機制。為較好地認識這些網(wǎng)絡(luò)的拓撲結(jié)構(gòu)及動力學(xué)過程，計算機模擬技術(shù)被應(yīng)用于生化網(wǎng)絡(luò)體系的研究。 論文第一章主要介紹了計算機模擬技術(shù)的概況以及將其應(yīng)用于生化動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)的優(yōu)點和意義。 第二章詳細討論了現(xiàn)有的各類模擬算法和模擬軟件。內(nèi)容包括對國際上

2、常用的模擬算法和模擬軟件分類和總結(jié)，并針對已有軟件的不足，介紹了自編的模擬軟件CSU。同時，還就如何根據(jù)實際體系選擇合適的模擬算法和模擬軟件一問題給出討論。 第三章對不同的生化網(wǎng)絡(luò)模型進行研究。對同一生化動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)，可分別用隨機性模型和確定性模型來描述。該章以一生物節(jié)律網(wǎng)絡(luò)體系為例，從不同角度比較了兩種模型的模擬結(jié)果，同時還從原理上揭示了兩種模型的適用范圍。 第四章在計算機模擬技術(shù)的基礎(chǔ)上，將均勻設(shè)計方法運用于生物節(jié)