光棘球海膽MYP基因非編碼區(qū)序列及其SNPs分析.pdf

1、海膽的主要卵黃蛋白，因大量存在于海膽卵中而曾一度被歸為卵黃蛋白原。但不同于其它物種的雌性特有，MYP同時存在于海膽精巢和卵巢中，為配子發(fā)生及胚胎發(fā)育提供營養(yǎng)。比對發(fā)現(xiàn)，其cDNA序列與其他物種卵黃蛋白原并無明顯相似性，而與鐵傳遞蛋白具有更高的相似性。據(jù)其存在場所和合成時期的差異，MYP可分為為CFMYP和EGMYP，二者均由同一基因編碼。因其特殊性，國內(nèi)外相關(guān)研究很多，并仍在持續(xù)進行。
　　 光棘球海膽不僅是我國重要的增養(yǎng)殖品種

2、之一，且在發(fā)育生物學(xué)、遺傳學(xué)、分子生物學(xué)等學(xué)科均有很好的科研價值。本實驗選用光棘球海膽，對其主要卵黃蛋白MYP基因區(qū)域進行相關(guān)研究，旨在為MYP的下一步研究奠定基礎(chǔ)。
　　 利用基因組步移方法，獲得了MYP基因上下游未知序列，并通過常規(guī)PCR及克隆測序等獲得基因組9個內(nèi)含子的序列。在研究過程中，利用生物信息學(xué)對MYP上下游序列進行順式作用元件分析。并選用基因下游，及內(nèi)含子20的核苷酸序列進行SNPs檢測。
　　 現(xiàn)將實驗

3、結(jié)果總結(jié)如下：
　　 1、經(jīng)3次步移及克隆測序，獲得MYP基因上游1782bp，應(yīng)用生物信息學(xué)預(yù)測了其啟動子，得到兩條啟動子序列P1和P2,P1起始于-96bp，P2起始于.565bp，兩條序列均為50bp。在P1、P2序列中分別包含有GC box，GAGA box和CAAT box。推測MYP基因的兩條啟動子序列，在胚胎發(fā)育的不同時期分別對母源性卵黃蛋白(EGMYP)和體腔卵黃蛋白(CFMYP)的表達(dá)具有不同的調(diào)控作用。

4、>　　 利用Tfsitescan軟件，在MYP基因上游區(qū)域發(fā)現(xiàn)含有多種順式作用元件，如：AP1-TRE0/C、NRE_Box1_CS、IRF-E、ASK-MP4等。這說明MYP的表達(dá)調(diào)控方式復(fù)雜，受多條信號通路的共同調(diào)節(jié)。
　　 2、經(jīng)2次基因組步移和一次常規(guī)PCR，獲得了MYP基因下游共1182bp的序列。經(jīng)Clustalx比對處理，得有效長度821bp。認(rèn)為所得到的區(qū)域為光棘球海膽MYP編碼前體mRNA的DNA序列，可被識

5、別并轉(zhuǎn)錄形成前體mRNA，但在前體mRNA的后期剪接過程中被除去，并不參與后期功能蛋白的合成。
　　 經(jīng)鑒定，在所獲得的MYP下游區(qū)域序列中，存在兩種信號元件，效率元件(EE)ATATAT(59bp-64bp)，和定位元件(PE)TTTTTTTT(347bp-354bp)。這些元件可能在MYP mRNA的后期剪輯、折疊、以及相關(guān)反式作用因子的識別與定位中起一定作用。
　　 3、MYP下游區(qū)域序列中，存在一些SNP突變位點

6、，如622位存在A-G轉(zhuǎn)換，648位存在T缺失等。這些突變可能影響到后期mRNA的修飾，而導(dǎo)致功能蛋白質(zhì)的差異。
　　 4、獲得MYP基因內(nèi)含子5、6、11、14、15、16、17、18、及20的全部序列，總長5036 bp。經(jīng)網(wǎng)上進行Blast發(fā)現(xiàn)，該九段序列均為新發(fā)現(xiàn)的未知序列。對部分內(nèi)含子進行SNP檢測，得內(nèi)含子20的189位存在A-C突變，這些突變可能影響到前體mRNA的處理與修飾，從而在蛋白質(zhì)水平造成差異。