基于全物種基因數(shù)據(jù)物種樹(shù)自動(dòng)構(gòu)建系統(tǒng)設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、生物技術(shù)發(fā)展日新月異，人們迎來(lái)了一個(gè)基因的時(shí)代，這些前沿生物技術(shù)勢(shì)必為人類的生活和科學(xué)發(fā)展特別是物種研究帶來(lái)許多的便利。
　　本文所做的工作包括以下三個(gè)方面:
　　首先，全物種基因數(shù)據(jù)的基因樹(shù)構(gòu)建分析系統(tǒng)設(shè)計(jì)。結(jié)合全物種基因數(shù)據(jù)作為數(shù)據(jù)源，利用Blast進(jìn)行了基因序列對(duì)比，然后通過(guò)Kimura兩參數(shù)建模，最后利用MEGA快速建立基因樹(shù)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，該系統(tǒng)能夠準(zhǔn)確的生成與生物樹(shù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)較為一致的基因樹(shù)，在模型參考上是可靠的。

2、
　　其次，基于多物種溯組模型的生物樹(shù)構(gòu)建研究。為了更加明確生物樹(shù)構(gòu)建的方法，減少生成生物樹(shù)與真實(shí)生物樹(shù)的誤差，本文從引入多物種溯祖分析模型開(kāi)始，嘗試以系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)為中心，基因樹(shù)與物種樹(shù)為指導(dǎo)，找出最合理的生物構(gòu)建方式。
　　最后，基于STAR模型的，借助BEST和GTR分子進(jìn)化模型，通過(guò)48物種的2245個(gè)基因進(jìn)行驗(yàn)證。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，STAR模型在全物種大規(guī)?；驍?shù)據(jù)下產(chǎn)生的物種樹(shù)結(jié)果依然一致，在在某些節(jié)點(diǎn)上，在基因數(shù)據(jù)的增