系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算算法研究與平臺構(gòu)建.pdf

1、系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)是用來描述生物之間進(jìn)化關(guān)系的一種網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。衡量兩個網(wǎng)絡(luò)之間的距離是系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)研究中非常重要的一部分，但是到目前為止，仍然沒有一個統(tǒng)一有效的平臺用來計算系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)之間的距離。
　　本文重點研究了系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算算法，并搭建了應(yīng)用平臺，具體工作如下:
　　(1)設(shè)計并實現(xiàn)了系統(tǒng)發(fā)生樹距離計算的在線系統(tǒng)CDRPT，其中實現(xiàn)了簇算法、分割算法、三倍數(shù)算法和等價算法;
　　(2)設(shè)計并實現(xiàn)了系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計

2、算的在線系統(tǒng)CDRPN，其中實現(xiàn)了半等價算法、等價算法、向量算法和三分割算法;
　　(3)設(shè)計并實現(xiàn)了構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的在線系統(tǒng)IGNET。
　　(4)通過實驗分析了算法之間的關(guān)系，并得到如下結(jié)論:系統(tǒng)發(fā)生樹距離計算算法中簇算法和等價算法相關(guān)性較大，而三倍數(shù)算法和等價算法的相關(guān)性較小;系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算算法中半等價算法與三分割算法的相關(guān)性較大，而等價算法與向量算法和三分割算法的相關(guān)性較小;對于相同的數(shù)據(jù)集，等價算法得到距離