生物研究軟件介紹

1、一、基因芯片：1、基因芯片綜合分析軟件。ArrayVision7.0一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進(jìn)行圖像分析，還可以進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強(qiáng)大，商業(yè)版正式版：6900美元。Arraypro4.0MediaCyberics公司的產(chǎn)品，該公司的gelproimagepro一直以精確成為同類(lèi)產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會(huì)差。phetix?ArrayNonlinearDynamics公司的基因

2、片綜合分析軟件。Jexpress挪威Bergen大學(xué)編寫(xiě)，是一個(gè)用JAVA語(yǔ)言寫(xiě)的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來(lái)分析微矩陣（microarray）實(shí)驗(yàn)獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運(yùn)行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運(yùn)行。2、基因芯片閱讀圖像分析軟件ScanAlyze2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進(jìn)行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動(dòng)定義格柵與像素點(diǎn)分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫(kù)。3、基因

3、芯片數(shù)據(jù)分析軟件Cluster斯坦福的對(duì)大量微矩陣數(shù)據(jù)組進(jìn)行各種簇（Cluster)分析與其它各種處理的軟件。SAMSignificanceAnalysisofMicroarrays的縮寫(xiě)，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanfd大學(xué)編制。4基因芯片聚類(lèi)圖形顯示TreeView1.5斯坦福開(kāi)發(fā)的用來(lái)顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果。現(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標(biāo)準(zhǔn)軟件。FreeView是基于JAVA語(yǔ)

4、言的系統(tǒng)樹(shù)生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強(qiáng)了某些功能。5基因芯片引物設(shè)計(jì)ArrayDesigner2.00DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計(jì)DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)。RNAStructure3.5RNASturcture根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級(jí)序列預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實(shí)現(xiàn)。預(yù)測(cè)所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實(shí)驗(yàn)室獲得。提供了一些模塊

5、以擴(kuò)展Zuker算法的能力，使之為一個(gè)界面友好的RNA折疊程序。允許你同時(shí)打開(kāi)多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開(kāi)文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時(shí)幫助和退出程序。RNAdraw中一個(gè)非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開(kāi)的菜單顯示對(duì)鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對(duì)象窗口可以使用的功能列表。RNA文庫(kù)（RNALibrary）用一種容易操作的方式來(lái)組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。基本配置：Windows95Windo

6、ws98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。顯示，表格設(shè)有多種分類(lèi)顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶(hù)可以向限制性?xún)?nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開(kāi)放閱讀框及蛋白位點(diǎn)等數(shù)據(jù)庫(kù)中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫(kù)中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶(hù)也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)?？蓮腗acVectTM、WisconsinPackageTM等數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個(gè)很有特色的類(lèi)似于核酸限制酶分析

7、的蛋白分析，對(duì)蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。DSgene:Omiga2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discoverystudio系列，accelrys公司的insightIIGCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DSgene是GCG的個(gè)人機(jī)簡(jiǎn)版，功能強(qiáng)大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vectNTI的界面影響，DSgene與Omiga2.0相比界面有了很大的改變。DNASISfWindows2.5版是日立

8、軟件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.Ltd.）97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)等功能，足可滿(mǎn)足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。在DOS時(shí)代，DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過(guò)許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS會(huì)帶給我們驚喜。DNASISMAX1.0DNAS

9、IS2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個(gè)版本一下膨脹了許多。界面風(fēng)格也改變了很多。DNATools5.1與OmigaDNAsisPCgene等軟件屬于同一類(lèi)的綜合性軟件操作簡(jiǎn)單功能多。DNATools設(shè)計(jì)的用戶(hù)友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開(kāi)作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時(shí)（通過(guò)尋找常用序列格式的特征），會(huì)顯示這個(gè)文件

10、的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(shí)（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類(lèi)型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物，并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及標(biāo)題。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識(shí)別序列，而不必通過(guò)它們的文件名。Bioedit一個(gè)具有序列

11、簡(jiǎn)單分析和序列對(duì)比功能的軟件。該軟件有一個(gè)簡(jiǎn)單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對(duì)軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點(diǎn)連接。雖然該軟件看起來(lái)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，但卻又很強(qiáng)的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.Jellyfish2.1只水母不簡(jiǎn)單，可以用來(lái)進(jìn)行DNA翻譯，序列排隊(duì)比較，限制酶消化，提交序列進(jìn)行BLAST，研究項(xiàng)目管理等。操作十分簡(jiǎn)單，只需拖動(dòng)與點(diǎn)擊便可。GeoolsGenebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不

12、及vectNTI和DSgene強(qiáng)大，它具有repeatvectfind使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpGisl分析。DNAMAN限制酶分析，引物設(shè)計(jì)，對(duì)排（aligment）翻譯，數(shù)據(jù)庫(kù)操作，Blast，序列裝配（Sequenceassembly）.易學(xué)易用，操作方便。四、限制酶切位點(diǎn)分析：DNAssist2.0大多軟件只對(duì)線(xiàn)性序列進(jìn)行分析，那么NNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcI的位點(diǎn)。DNAssis