第一性原理的dftb+計算

1、ThefirstcalculationwithDFTB摘要：摘要：本文件應作為一個教程引導您完成您的本文件應作為一個教程引導您完成您的第一個計算與第一個計算與DFTB。作為一個例。作為一個例子，一個水分子的平衡幾何計算。請注子，一個水分子的平衡幾何計算。請注意，本教程只涵蓋意，本教程只涵蓋DFTB的能力的一的能力的一小部分，甚至使用這些功能都沒有任何小部分，甚至使用這些功能都沒有任何詳細的討論。您應該咨詢當前手冊的所詳細的討論。您應該咨

2、詢當前手冊的所有DFTB功能的完整與詳細的描述。功能的完整與詳細的描述。1Providingtheinput首先，你必須創(chuàng)建輸入的代碼。DFTB接受任何人類可讀的結構化數(shù)據(jù)（HSD）或可擴展標記語言（XML）的輸入。在這個教程HSD將被使用，并且在這種情況下，輸入文件必須被稱為dftb_in.hsd。在這個文件里所用的輸入文件如下所示：（您可以通過下載提供tar.gz壓縮這個HOWTO從HOWTO概述頁面獲得此文件。Geometry=G

3、enFmat3COH110.00000000000E000.10000000000E010.00000000000E00220.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00320.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00Driver=ConjugateGradientMovedAtoms=Range11MaxFceComponent=1.

4、0e4MaxSteps=100OutputPrefix=“geom.out“110.00000000000E000.10000000000E010.00000000000E00220.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00320.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00指定一個集群系統(tǒng)與O型和H中的“根”的格式中的原子的坐標以埃給出

5、的3個原子。整數(shù)的第一列包含在系統(tǒng)正（由解析器忽略）的原子的連續(xù)的數(shù)字。第二列包含每個原子的類型，考慮如在第二行中的元素列表中的相應元件的位置。該GenFmat不是指定幾何的唯一方法，您應檢查手冊等方法。如上所示，它是一個可能散列符號（＃）字符后，把任意評論在HSD輸入。散列和行末之間的一切都被解析器忽略。很多時候，該幾何形狀被存儲在外部文件從dftb_in.hsd不同。為了節(jié)省您的復制和粘貼從該文件在輸入文件中，你可以使用HSD格式的

6、文件包含的功能：Geometry=GenFmat“input_geometry.gen“該運算符包括指定文件作為原始數(shù)據(jù)。（該文件不檢查任何HSD結構。）在上面的例子中，文件input_geometry.gen必須在過程的根格式。1.2Driver具有指定系統(tǒng)的幾何結構后，你應該決定，做什么用的幾何形狀。該驅(qū)動器屬性決定，怎么幾何在運行過程中，應改變（如果有的話）。如果你只是想作一個靜態(tài)計算，則必須將其設置為像一個空值Driver=#E

7、mptyvaluefthedriver在當前的例子中，然而，#DoconjugategradientoptimisationDriver=ConjugateGradientMovedAtoms=Range11#MoveallatomsinthesystemMaxFceComponent=1.0e4#Stopifmaximalfcebelow1.0e4MaxSteps=100#Stopaftermaximal100stepsOutputP

8、refix=“geom.out“#Finalgeometryingeom.out.xyzgen該分子是使用共軛梯度法放寬。從第一個（1），直到并包括最后一個（1）個原子的整個范圍內(nèi)被允許移動。而不是范圍11你也可以寫MovedAtoms=Range13#Atomsfromthe1stuntilthe3rd或MovedAtoms=123#Explicitelylistingtheatomstomove在我們的情況下，結構優(yōu)化繼續(xù)，只要最大

9、分力大于1E4原子單位（哈特里波爾）。數(shù)值是每默認解釋原子單位。在HSD格式提供，但是，通過等號之前指定值的方括號中的單元（改性劑）使用其他單位的可能性。例如代替原有的規(guī)范，你也可以使用MaxFceComponent[eVAA]=5.14e3#FceinElectronvoltAngstromMaxFceComponent[ElectronvoltAngstrom]=5.14e3該MaxSteps屬性指定，后有多少幾何優(yōu)化步驟程序應停止