fastqc在二代數(shù)據(jù)上的應(yīng)用

1、FastQC在二代測序數(shù)據(jù)質(zhì)控上的應(yīng)用隨著二代測序技術(shù)的成熟和測序成本的降低，高通量測序越來越多地用于科學(xué)研究中。與此同時，測序數(shù)據(jù)的處理問題也隨之而來。如何從得到的海量數(shù)據(jù)中，提取出我們所需的部分成為關(guān)鍵。其中。測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量是影響數(shù)據(jù)處理的關(guān)鍵，也是在數(shù)據(jù)分析前需進行的首項分析。FastQC作為一款小巧的應(yīng)用于數(shù)據(jù)質(zhì)量控制的軟件，能對二代測序數(shù)據(jù)進行快速的基本信息統(tǒng)計，給出相應(yīng)的圖表報告。因此，F(xiàn)astQC得到了越來越多的生物信息學(xué)

2、分析者的青睞。本文對FastQC的使用步驟及結(jié)果分析進行了詳盡的闡述。1軟件的下載安裝從網(wǎng)上找到FastQC的下載網(wǎng)址，復(fù)制下載鏈接后，利用wget命令，進行軟件安裝包的下載?；蛘咧苯酉螺d到本地（Linux系統(tǒng)）。利用unzip命令，對安裝包進行解壓，解壓后進入文件夾，并對fastqc的權(quán)限進行修改chmod755fastqc，使得FastQC成為可運行。2軟件的使用由于FastQC沒有圖形界面，其使用要利用命令行進行。fastqc[o

3、outputdir][ffastq|bam|sam]seqfile1..seqfileNo用來指定輸出文件的所在目錄f用來強制指定輸入文件格式e.g.softwareFastQCfastqcoFastQC_OUTfastq輸出的文件是包含有網(wǎng)頁（html）格式的壓縮文件夾，解壓后，通過網(wǎng)頁查看輸出結(jié)果。某位置出錯概率為0.01時，其quality就是20。該圖顯示的測序質(zhì)量均較高。3.3每個芯片位置測序質(zhì)量該圖則是對測序機器的不同位點的

4、Flowcell的測序質(zhì)量進行評估，顯示的是系統(tǒng)誤差。一般情況下，商業(yè)的測序公式，測序質(zhì)量較高，該項均為通過狀態(tài)，同時，商業(yè)公司會對原始的測序數(shù)據(jù)進行處理，將測序質(zhì)量低的reads進行去除。圖中，藍(lán)色部分是質(zhì)量較好的點，紅色越明顯則是測序質(zhì)量越低。3.4讀長測序質(zhì)量的分布該項統(tǒng)計是對不同測序質(zhì)量的reads進行了分布統(tǒng)計。橫軸顯示的是從低到高的質(zhì)量得分，縱軸則是在該質(zhì)量下的reads數(shù)目分布。因此，數(shù)據(jù)質(zhì)量越高，其主要部分越偏右，下圖的