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1、第九章 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建,系統(tǒng)進(jìn)化樹又稱演化樹，用于表明具有共同祖先的各物種（基因）間演化關(guān)系的樹。 樹中每個節(jié)點(diǎn)代表其各個分支的最近共同祖先，節(jié)點(diǎn)的線段長度對應(yīng)其演化的距離。,可分為有根樹和無根樹 有根樹反映樹上物種（基因）進(jìn)化的時間順序，通過分析有根樹的長度，可以了解不同物種或者基因以何種方式和和速率進(jìn)化。 無根樹只反映分類單元之間的距離，而不涉及共同祖先問題。,系統(tǒng)進(jìn)化樹的結(jié)構(gòu) 主要分為樹葉、樹枝和節(jié)點(diǎn)三部分
2、，從同一節(jié)點(diǎn)上分出的兩個分支稱為姊妹群（sister group）。 姊妹群從結(jié)構(gòu)上可以理解為二者進(jìn)化關(guān)系非常接近，而且擁有唯一的共同祖先。,從結(jié)構(gòu)上看這三個系統(tǒng)進(jìn)化樹是等價的,系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建的算法 最大似然法（Maximum Likelihood，ML） 臨近相連法（Neighbor -Joining, NJ) 最小進(jìn)化法（Minimum - Evolution , ME) 最大簡約法（Maximum Parsimony，
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