pubmed生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索

1、醫(yī)學(xué)信息檢索,PubMed主要內(nèi)容,PubMed概況 PubMed數(shù)據(jù)來源PubMed檢索機制PubMed檢索運算符PubMed檢索方法結(jié)果的顯示、保存其他輔助功能,PubMed概況,創(chuàng)建機構(gòu)：美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心(NCBI)1997年6月開始向全球開放特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻還可在網(wǎng)上直接免費獲得全文。與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別：檢索機制、檢

2、索界面、檢索方法以及收錄文獻數(shù)量不同。,PubMed數(shù)據(jù)來源,MEDLINE： [pubmed-indexed for medline]In Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。[pubmed-in process]Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻，每條記錄標有[PubMed-as supplied by Publisher]。,自動轉(zhuǎn)換匹配功能(A

3、utomatic Term Mapping)對于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進行對照匹配和轉(zhuǎn)換，再進行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短語表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程

4、，檢索時各個詞之間是AND邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是AND邏輯關(guān)系。,PubMed檢索機制,短語檢索(Phrase Searching)也可稱為強迫詞組檢索，即，如果要將短語作為一個詞組進行檢索，可用雙引號“ ”將其引起來。如：“drug therapy”作為詞組進行檢索的詞，系統(tǒng)不進行自動轉(zhuǎn)換匹配，也不進行MeSH詞的擴檢。,PubMed檢索機制,PubMed檢索運算符,邏輯運算符：

5、邏輯與：AND，邏輯或：OR，邏輯非：NOT。當一個檢索表達式中同時含有三個運算符時，運算順序從左至右，括號可以改變運算順序。截詞符：*，一個詞或字拼寫出部分字母后面加上一個截詞符，chem*表示用詞根進行檢索。雙引號：“ ”，表示對引號中的短語進行檢索。檢索字段標識符：[tag]，tag為字段名稱。 [ti]，[au]，[ta]， [la]，[pt]。,常用字段組成,標識符 字段名稱 中

6、文釋義TI Title 題目AU Author 作者AD Affiliation 作者單位AB Abstract 文摘

7、DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名縮寫MH MeSH Terms 主題詞PT Publication Type 出版類型,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/p

8、ubmed/,PubMed 網(wǎng)址,,高級檢索,主題檢索,期刊檢索,文獻匹配,臨床咨詢,特定主題咨詢,PubMed檢索方法,基本檢索高級檢索主題檢索輔助檢索,基本檢索,,默認檢索字段為主題、作者、期刊,關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語： ⑴ 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、Lung cancer； ⑵ 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； ⑶ 帶有連接號”-”作為一個詞組檢

9、索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancer[ti]作者：Smith J 、 Smith[au]2002年以后的文獻如果作者有全稱，可用全稱,基本檢索,期刊刊名： ⑴可用期刊全稱：GENE THERAPY[TA]； ⑵可用期刊簡稱：JAMA[TA]；(The Journal of the American Medical Association) ⑶刊名中含有特殊字符，如[]、&am

10、p;等，要去掉： 如J HAND SURG[AM] 輸入時要寫成J HAND SURG AM 截詞：chemo*復(fù)雜表達式：liver cancer AND therapy帶有摘要文獻的檢索 ：liver cancer AND hasabstract,基本檢索,分析該檢索課題，包含兩個方面： 肝癌：liver cancer；治療：therapy兩個主題之間的邏輯關(guān)系是AND，即liver cancer AND the

11、rapy,基本檢索舉例1：肝癌的治療,分析該檢索課題，包含兩個方面： 作者為：馬大龍（ma dl）；作者單位為： 北京大學(xué)（peking university[ad]）。,基本檢索舉例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻,得到了兩個檢索結(jié)果：作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結(jié)果作者單位為：北京大學(xué)（peking university[ad]）的檢索結(jié)果利用檢索史把這兩個檢索結(jié)果用AND組合起來,基本檢索舉

12、例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻,,高級檢索,,,,限制檢索或條件檢索：Limit (1) 全文、摘要　 (2)動物、人類 (3)文獻類型 (4)語種 (5)數(shù)據(jù)庫子集的限定 (6)年齡組,分析該課題：主題為肝癌治療，即liver cancer and therapy限制條件有兩個：語種為英文（English）；文獻類型為綜述（Review）,高級檢索舉例：原文為英文的肝癌治療

13、方面的綜述文獻,主題檢索,medline數(shù)據(jù)主題標引規(guī)范，用主題詞檢索，可以提高查全率、查準率,點擊MeSH Database打開主題檢索界面,,主題檢索,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,該檢索課題有兩個概念：長春新堿（Vincristine ） 、白血?。╨eukemia）長春新堿治療疾病，組配副主題詞治療應(yīng)用（therapeutic use）白血病藥物治療，組配副主題詞藥

14、物療法（drug therapy）這兩個概念之間是AND的關(guān)系,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療

15、應(yīng)用,副主題詞,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,主題檢索舉例：長春新堿（Vincrist

16、ine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病

17、/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,通過兩個主題檢索得到：“長春新堿/治療應(yīng)用” 的檢索結(jié)果“白血病/藥物療法” 的檢索結(jié)果兩個檢索結(jié)果用AND組合起來，需要用到檢索史,主題檢索舉例：長春新堿（Vincr

18、istine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,文獻匹配器臨床咨詢和系統(tǒng)評價,輔助檢索,文獻匹配器,系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻的方式：單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）。如果要查找某一篇文獻，點擊單篇引文匹配器，輸入刊名、日期、卷、期、頁碼、作者、題目中的一項或多項內(nèi)容進行檢索，系統(tǒng)返回文獻記錄結(jié)果。如果要同時查找多篇文獻，則點擊

19、多篇引文匹配器，然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻的查詢項目。其中刊名為必需項，其他項目沒有時可省略。,,單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）,,輸入格式,臨床咨詢和系統(tǒng)評價,用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；檢索臨床實踐過程中的問題，如系統(tǒng)綜述、多元分析、臨床試驗、循證醫(yī)學(xué)、實踐指導(dǎo)、遺傳學(xué)方面。,,臨

20、床咨詢和系統(tǒng)評價,臨床咨詢,臨床咨詢和系統(tǒng)評價,系統(tǒng)評價,PubMed Clinical Queries臨床咨詢,Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED學(xué)科、專題數(shù)據(jù)庫http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html,Clinical Queries using Research Methodology Filters 臨

21、床研究方法,Clinical Queries using Research Methodology Filters臨床研究方法的檢索http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/clinicaltable.html,Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE數(shù)據(jù)庫如何強化臨

22、床信息檢索功能？http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf04/cq_info.html,NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness醫(yī)學(xué)科研信息檢索http://www.nlm.nih.gov/nichsr/cer/cerqueries.html#pubmed,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/my

23、ncbi/recentactivity/PUBMED上檢索當天全球醫(yī)學(xué)科研活動,科學(xué)網(wǎng)許培揚博客http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&view=me&from=space,PUBMED數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法 http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid

24、=280034&do=blog&quickforward=1&id=417271,醫(yī)學(xué)語義智能檢索平臺http://www.quertle.info/v2/search?s=r&query=Genome-sequencing&so_a=&so_j=,全球語言翻譯支持,全文鏈接 BioMed Central PubMed Pubget,結(jié)果的顯示、保存,顯示保存,結(jié)果的顯示,顯示格

25、式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：（1）Summary：為默認顯示格式。顯示的信息包括文獻的標題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻的原文語種等。（2）Abstract：顯示信息除了文獻標題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻詳細內(nèi)容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、

26、MeSH、文獻ID、出版狀態(tài)等。,結(jié)果的顯示,結(jié)果的顯示,,保存記錄在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。選擇“E-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。在檢索結(jié)果顯示頁面可將某一次檢索的全部記錄或標記記錄保存；而“Clipboard”頁面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。,檢索結(jié)果的保存,檢索結(jié)果的保存,,輔助功能,檢索策略的存儲和調(diào)用全文鏈接相關(guān)文獻鏈接,檢索策略的存儲和調(diào)用,使用My NC