巴馬香豬與長(zhǎng)白豬肌肉生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因的研究.pdf

1、本研究以巴馬香豬為研究對(duì)象，利用RNA-seq技術(shù)和凝膠雙向電泳蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)篩選30、180日齡巴馬香豬背最長(zhǎng)肌中的差異表達(dá)基因，結(jié)合肌肉代謝關(guān)鍵酶活性、血液生化指標(biāo)、相關(guān)基因表達(dá)水平方面研究，初步揭示巴馬香豬與長(zhǎng)白豬肌肉發(fā)育及其肉質(zhì)品質(zhì)差異的分子機(jī)制，研究結(jié)果如下:
　　1.巴馬香豬和長(zhǎng)白豬肉質(zhì)性狀、代謝相關(guān)酶活及血液生化指標(biāo)的測(cè)定:
　　(1)180日齡巴馬香豬背膘厚為4.23±0.15cm，顯著高于長(zhǎng)白豬的1.4

2、7±0.21cm(p＜0.05);肌肉電導(dǎo)率為2.80±0.49ms，顯著低于長(zhǎng)白豬的4.24±0.51ms(p＜0.05);肌肉肉色Opto值為64.64±2.80高于長(zhǎng)白豬的63.44±0.88，差異不顯著;肌肉剪切力16.13±1.26 N低于長(zhǎng)白豬的17.89±0.96 N，差異不顯著;眼肌面積為13.63±0.41cm2極顯著低于于長(zhǎng)白豬的36.58±2.37 cm2(p＜0.01)。
　　(2)巴馬香豬和長(zhǎng)白豬代謝關(guān)鍵

3、酶活性、血液生化指標(biāo)發(fā)育模式一致;0日齡時(shí)巴馬香豬游離脂肪酸濃度顯著高于長(zhǎng)白豬(p＜0.05)，LDH、TC、TG、LDL、HDL濃度顯著低于長(zhǎng)白豬(p＜0.05);30日齡時(shí)巴馬香豬游離脂肪酸濃度、LDH、SDH、MDH、TG濃度顯著高于長(zhǎng)白豬(p＜0.05)，TC濃度顯著低于長(zhǎng)白豬(p＜0.05);180日齡時(shí)游離脂肪酸濃度、LPL、SDH、MDH、TG、LDL、HDL濃度顯著高于長(zhǎng)白豬(p＜0.05)，LDH顯著低于長(zhǎng)白豬(p＜0

4、.05)。
　　(3)巴馬香豬肌肉組織LPL、LDH、MDH、SDH與肌內(nèi)脂肪含量無(wú)顯著性相關(guān)(p＞0.05)。
　　2.巴馬香豬、長(zhǎng)白豬肌肉組織樣品RNA-seq測(cè)序，結(jié)果如下:
　　(1)30日齡和180日齡的巴馬香豬、長(zhǎng)白豬肌背最長(zhǎng)肌肉組織樣分別獲得23，051，730、21，475，968、23，000，120、18，698，878對(duì)clean reads，巴馬香豬共拼接得到27491個(gè)轉(zhuǎn)錄本，19655(71

5、.49％)個(gè)Unigene被注釋到數(shù)據(jù)庫(kù)中，7836(28.51％)個(gè)Unigene沒有被注釋，長(zhǎng)白豬共拼接了69686個(gè)轉(zhuǎn)錄本，43447(62.34％)個(gè)Unigene被注釋到數(shù)據(jù)庫(kù)中，26239(37.66％)個(gè)Unigene沒有被注釋。
　　(2)30日齡與180日齡巴馬香豬相比，有1380個(gè)差異基因，上調(diào)基因1141個(gè)，下調(diào)基因239個(gè);2873，2713，323個(gè)基因具有一個(gè)或者多個(gè)GO注釋到生物過(guò)程、細(xì)胞組成、分子功

6、能中;206個(gè)差異基因得到KEGG Pathway，涉及178條通路，在30日齡和180日齡巴馬香豬肌肉組織中分別發(fā)現(xiàn)43656、37646個(gè)SNP位點(diǎn)。
　　(3)30日齡與180日齡長(zhǎng)白豬之間有351個(gè)差異基因，上調(diào)基因212個(gè)，下調(diào)基因139個(gè);2609，1894，892個(gè)基因具有一個(gè)或者多個(gè)GO注釋到生物過(guò)程、細(xì)胞組成、分子功能中;長(zhǎng)白豬中共有258個(gè)差異基因得到了KEGG Pathway，涉及126條通路，長(zhǎng)白豬30日齡

7、和180日齡肌肉組織分別發(fā)現(xiàn)10811、7762個(gè)SNP位點(diǎn)。
　　3.巴馬香豬、長(zhǎng)白豬肌肉組織樣品2-DE測(cè)定:
　　(1)豬肌肉蛋白點(diǎn)的等電點(diǎn)(pI)值在4-7之間，分子量在25-100kDa范圍之內(nèi)，總共有276個(gè)差異蛋白，149個(gè)蛋白點(diǎn)在30日齡時(shí)高表達(dá)，118個(gè)蛋白點(diǎn)在180日齡時(shí)高表達(dá)。
　　(2)30與180日齡巴馬香豬共鑒定成功了67個(gè)差異倍數(shù)在3以上的差異蛋白，30日齡高表達(dá)的32個(gè)，180日齡高表達(dá)

8、的35個(gè)。
　　(3)180日齡巴馬香豬與長(zhǎng)白豬間共鑒定成了16個(gè)差異倍數(shù)在3以上的差異蛋白，巴馬香豬高表達(dá)的13個(gè)，長(zhǎng)白豬高表達(dá)的3個(gè)。
　　4.不同發(fā)育階段豬背最長(zhǎng)肌關(guān)鍵后選基因的表達(dá)差異分析:
　　(1)巴馬香豬和長(zhǎng)白豬背最長(zhǎng)肌NDUFS、NDUFAB1、IDH3A、NU6M、ATP5B、ATP5H、HUMMLC2B、MYL1、ADPN基因mRNA豐度基本一致，具有顯著的年齡依賴變化，隨著年齡的增加而下降(p＜0

9、.05)。
　　(2)巴馬香豬背最長(zhǎng)肌NDUFAB1、NU6M基因mRNA表達(dá)水平與肌間脂肪含量正相關(guān)，相關(guān)系數(shù)分別為:0.826(p＜0.05)、0.848(p＜0.05);ATP5H基因mRNA表達(dá)水平與肌間脂肪含量負(fù)相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為-0.894(p＜0.05);HUMML2CB基因mRNA表達(dá)水平與肌肉剪切力、肌肉電導(dǎo)率、肌間脂肪含量負(fù)相關(guān)，相關(guān)系數(shù)分別為:-0.984(p＜0.01)，-0.895(p＜0.05)、0.89