褶紋冠蚌和三角帆蚌線粒體基因組全序列分析.pdf

1、采用LA-PCR(Long amplification polymerase chain reaction)擴增首次獲得褶紋冠蚌（Cristaria plicata）線粒體基因組全序列。分析表明：序列全長15712bp，包括13個蛋白質(zhì)基因、22個tRNA基因、2個rRNA基因和26個長度為2～328bp的非編碼區(qū)。A、T、C、G堿基組成分別為36.54％、27.22％、23.22％、13.02％，表現(xiàn)出適度的A+T偏好性。大部分基因在

2、L鏈編碼，其中ND3～ND5、ND4L、COⅠ～COⅢ、ATP6、ATP8、tRNAAsp和tRNAHis在H鏈編碼。基因排列與同科的射線佩飾真珠蚌（Lampsilis ornata）一致，與三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)在COⅡ和12S rRNA之間存在差異。13個蛋白質(zhì)基因具有Ⅰ(AUU、AUC)、V(GUG)、M(AUA、AUG)3種起始密碼子，除ND2終止密碼子為不完整的T，其余基因均為典型的UAA或UAG。亮

3、氨酸(Leu)是褶紋冠蚌使用率最高的氨基酸，第二常用氨基酸為苯丙氨酸(Phe)，最常用密碼子為UUU，第二常用密碼子為AUU。22個tRNA中，除tRNAThr、tRNALys、tRNASr（UCN)、tRNAAsp、tRNAArg、tRNATyT和tRNAMet之外，其他15個tRNA都具有典型三葉草結(jié)構(gòu)。與其他淡水雙殼貝類一樣，褶紋冠蚌具有ATP8基因，該基因的進化過程可能為：ATP8基因在海水雙殼貝類缺失，到生活在潮間帶雙殼貝類慢

4、慢具有不完整的ATP8基因，再到淡水雙殼貝類具有完整的ATP8基因，并且可能與雙殼貝類細胞質(zhì)的滲透壓平衡有關(guān)。
　　 采用LA-PCR擴增雄性三角帆蚌線粒體基因組全序列(M型)。分析表明：序列全長15957bp，比雌性（F型）mtDNA長3bp，M型和F型mtDNA含有相同的基因含量(13個蛋白質(zhì)基因、22個tRNA基因、2個rRNA基因和26～28個長度不等的非編碼區(qū))、基因排列順序(ND2、tRNAMet、ND3、tRNAA

5、la、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNATrp、tRNAArg、12SrRNA、tRNALys、tRNAThr、tRNATyr、16SrRNA、tRNAeu(CUN)、tRNAAsn、tRNAPro、Cytb、tRNAPhe、ND5、tRNAGln、tRNACys、tRNAIle、tRNAVal、tRNALeu(UUR)、ND1、tRNAGly、ND6、ND4、ND4L、ATP6、tRNAAsp、ATP8、COⅢ、COI

6、、COⅡ、tRNASe(AGN)和tRNAHis)、相似的堿基含量和密碼子使用率；它們的13個蛋白質(zhì)基因起始密碼子相同，但M型mtDNAND5的終止密碼子為TAG，而F型則為TAA;M型和F型mtDNA都具有ATP8基因，這與淡水雙殼貝類中都存在該基因一致；M型和F型mtDNA都含有22個tRNA，但它們在三葉草的莖和環(huán)上都存在不同的堿基替換、錯配和凸環(huán)等結(jié)構(gòu)差異；M型mtDNA除tRNAGly和tRNAPro缺失TΨC環(huán)，tRNASe

7、r(AGN)和tRNASer(UCN)缺失DHU臂外，其他18個tRNA都具有典型的三葉草結(jié)構(gòu)；UUU是M型mtDNA使用率最高的密碼子，F(xiàn)型與之相同，緊接著是M型的GUU，但F型為UUG;M型與F型mtDNA的堿基差異為3.6％，它們的13個蛋白質(zhì)基因的堿基差異具有高度的相似性，介于93％～98％之間，蛋白質(zhì)的氨基酸序列差異介于96％～100％之間；因此推測，這是個體問的序列差異，在雄性三角帆蚌的外套膜組織中并不存在DUI機制，M型和