基于GO的棉花生物信息本體半自動構建的研究與實現(xiàn).pdf

1、隨著分子生物學和生物信息技術的飛速發(fā)展,生物的許多重要性狀和基因得到了精確定位,于是便產(chǎn)生了海量的生物數(shù)據(jù)。如何從這些異構的數(shù)據(jù)中挖掘出有用的信息,成為了當前的研究熱點。與此同時,本體被引入生物界并得到廣泛應用,人們已成功建立了水稻、擬南芥、大豆等植物本體,整合了各自領域的異構數(shù)據(jù)并挖掘出了有用的信息。筆者選取棉花生物信息作為研究出發(fā)點,構建本體,設計出本體編輯工具,以期實現(xiàn)該本體的半自動構建和可視化,為挖掘棉花生物信息提供相關研究工具

2、。
　　 本文首先介紹了本體的相關概念、常用本體構建方法及本體構建工具,研究了國內(nèi)外領域本體構建的關鍵技術,比較了本體構建方法和工具的優(yōu)缺點,總結出各自存在的問題；在此基礎上,分析了棉花生物信息本體的構成,提出了構建棉花生物信息本體的可行性、基本原則和構建方法,詳細介紹了整個構建過程,接著通過引進解析XML的技術,設計了基于Dom4j的自動生成棉花形式化本體(OWL文件)的算法,并實現(xiàn)了形式化本體的自動生成；此后,文章引入了可視

3、化的概念。針對本文生成基于Web的本體樹形圖的需求,分析了在Web上生成樹形圖的幾種技術,詳細闡述Dtree技術的具體功能、體系結構以及方法參數(shù)等內(nèi)容。通過對比分析,選擇該技術實現(xiàn)基于Web的本體樹形圖可視化；而后,綜合之前的研究內(nèi)容,運用相關技術和數(shù)據(jù)庫知識,設計出了基于MVC模式的棉花生物信息本體的半自動構建和可視化的原型系統(tǒng)。該系統(tǒng)建立在棉花生物信息本體知識庫的基礎上,通過用戶操作實現(xiàn)術語和術語關系的添加、修改、刪除以及查詢等功能

4、。對于構建成功的本體,系統(tǒng)可以自動生成形式化本體文件(OWL文件)并顯示本體樹形圖,實現(xiàn)可視化功能。文章詳細介紹了系統(tǒng)的總體設計、功能模塊和系統(tǒng)結構框架等內(nèi)容,選擇了棉花生物信息本體的部分術語及術語關系對其進行測試和評價,驗證了本文研究方法的可行性和實用價值。最后,筆者對研究中存在的問題與不足之處,提出了改進措施并指出了后續(xù)研究方向。
　　 本文總結了本體構建的研究現(xiàn)狀,成功構建了棉花生物信息本體,研究了棉花生物信息本體的半自動