基于新一代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序選擇性剪切分析工具的開發(fā)及應(yīng)用.pdf

1、論文題：基工逝二i立掛基組型度絲捶：吐翦地處塹：E縣曲Ⅱ籃叢生坦答辯委員會(huì)主席：墊盎塑塑!苴簽醫(yī)型盍堂!答辯委員會(huì)成員：壘￡基麴堡!塑叢匡堂墮墨塑堂堂暄2叁塹堂逝塑雖f翌業(yè)醫(yī)堂瞳墨固組醫(yī)堂!亞窒喧2淪義答辯n期：!!!!生!旦!!旦溢4It壓學(xué)％刪I≠怔滄i基于新一代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序選擇性剪切分析工具的開發(fā)及應(yīng)用中文摘要背景真核7物基因表達(dá)中，選擇性剪切是極其重要并普遍存在的生物學(xué)現(xiàn)緣。異常的選擇性剪時(shí)模式可以導(dǎo)致臨床上多種疾病的發(fā)生，例如：

2、神經(jīng)肌肉萎縮、蛋白質(zhì)相關(guān)疫癇、HutchinsonGi[ford早衰綜臺(tái)癥等。因此，全面識(shí)別和注釋相關(guān)的選擇性剪切對(duì)生物醫(yī)學(xué)工作者進(jìn)。步了解其分子機(jī)制和臨床致病機(jī)理具有重要意義。新～代測(cè)序技術(shù)RNASeq，作為一種功能強(qiáng)大且商效率的轉(zhuǎn)錄組研究新方法已經(jīng)在生物匕l(fā)及醫(yī)學(xué)領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。但是，儀完成測(cè)序工作還是遠(yuǎn)遠(yuǎn)Hi夠的。傳統(tǒng)的分析技術(shù)已經(jīng)不能適應(yīng)新一代廁穿技術(shù)的發(fā)展要求，應(yīng)用計(jì)算機(jī)和生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行觶讀，轉(zhuǎn)化成適臺(tái)研究

3、人員理解的信息成為目前最為迫訓(xùn)的需求。研究目的1開發(fā)一款可以高效識(shí)別選擇性剪切位點(diǎn)、注釋剪切模式的新一代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析軟件：2提供界I|；|f友好、高教迅速顯示高通量測(cè)序的全基因轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)定位、選擇性剪切位點(diǎn)以及辨切模式的操作平臺(tái)：3集成序列比對(duì)、轉(zhuǎn)換和輸入輸出格式軟件使用戶更樣易得到準(zhǔn)確的信息，提高效率；4靈活的支持個(gè)性化的處理方式，比如窗口的動(dòng)態(tài)調(diào)整、堿基信息大小和顏色的變化等；5用Jo司以方便快捷的載入、存儲(chǔ)、處理、保存、轉(zhuǎn)換

4、自己的輸入信息和結(jié)果；6將新)f發(fā)帕選擇性剪俐阻州、注釋以及可視化軟件應(yīng)用到∞列腺癌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)抽分析1|_】，得到癌癥榭關(guān)的特異性剪四位點(diǎn)和剪切模式。方法1對(duì)Solexa測(cè)序一l一接頭序列、polyA尾巴等低質(zhì)量值短序列進(jìn)行預(yù)處理：2使用MAQ、BWA、Bowtie、SOAP2四款短序列比對(duì)定位較件進(jìn)行短序列定位分析選取BWA作為比對(duì)軟件并設(shè)置了毋優(yōu)參數(shù)血：3根據(jù)剪切位點(diǎn)接頭模式特鈕G1一AG、GCAG和ATAc，基f參』!基因組膊列