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文檔簡介
1、產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀是雞重要經(jīng)濟性狀,受飼糧營養(yǎng)和遺傳因子的協(xié)同作用。隨著分子營養(yǎng)研究的逐步深入,探明影響目標性狀的關鍵調(diào)控基因及分子機制至關重要。隨著雞高密度SNP分型芯片的出現(xiàn)以及統(tǒng)計分析方法的日臻成熟,應用全基因組關聯(lián)研究(GWAS)挖掘和鑒定雞產(chǎn)肉和肉品性狀的功能基因成為可能。
試驗選用北京油雞公雞和科寶公司的快大型白羽肉雞母雞雜交構建了中國農(nóng)業(yè)科學院(CAAS)雞F2資源群體。選取資源群體中6個半同胞家系,共計400只雞
2、,包括親本14只,F(xiàn)1代19只,F(xiàn)2代公雞184只、母雞183只。在93日齡時進行屠宰,測定11個產(chǎn)肉和16個肉品質(zhì)性狀。使用雞60K SNP分型芯片對個體gDNA進行基因分型。分型結果經(jīng)過質(zhì)量控制后,剩余328只F2代個體和42585個SNPs。使用廣義的線性模型(GLM)和壓縮的混合線性模型(MLM)對雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀進行全基因組關聯(lián)研究。模型中以群體結構中的第一主成分為協(xié)變量,批次、性別為固定效應。在MLM中,親緣全系矩陣為隨機
3、效應。結果以MLM分析為主,同時兼顧GLM模型。同時,選取GWAS中鑒定的基因在高性狀值組和低性狀值組中進行表達驗證。結果表明:
(1)本研究鑒定出11個產(chǎn)肉性狀的64個SNPs效應位點,達到全基因組顯著或潛在關聯(lián)水平(P<2.98×10-6或5.96×10-5)。其中有22個SNPs效應位點在GLM模型中達到全基因組顯著水平(P<2.98×10-6)。其中4號染色體78.11-84.94 Mb(6.83 Mb)區(qū)間內(nèi)7個SN
4、Ps與多個產(chǎn)肉性狀關聯(lián),區(qū)間內(nèi)涉及到4個基因,包括SLIT2、QDPR、AFAP1和LRPAP1,它們的功能與產(chǎn)肉性狀密切相關。此外,WNT信號通路中翅膀重的候選基因RUVBL1,腿肌重候選基因WNT4;其它染色體上影響多個產(chǎn)肉性狀的候選基因包括SYT1、WAPALMAPK和EFNA5。
(2)本研究發(fā)現(xiàn)33個SNPs與10個肉品質(zhì)性狀關聯(lián)(P<4×10-4),這些性狀包括胸肌干物質(zhì)含量、腿肌干物質(zhì)含量、胸肌肌內(nèi)脂肪含量、肉色
5、L*和b*、皮膚顏色L*、a*和b*,腹脂重和腹脂率。其中8個重要候選基因的功能與肉品質(zhì)性狀密切相關,包括胸肌肌內(nèi)脂肪含量的候選基因TYRO3和MGST1,胸肌肉色的獲選基因COL1A2,皮膚顏色的候選基因SPINK5,腹脂重和/或腹脂率的候選基因RET、NPPB、SREBF1和LOC431251。
(3)4個胸肌重的候選基因RAB2A、QDPR、EFNA5和OTUD6B在高胸肌重組中顯著下調(diào)表達(P<0.01)。肉品質(zhì)性狀的
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