牦牛基因組微衛(wèi)星挖掘與篩選驗(yàn)證.pdf

1、牦牛（ Bos grunnines），屬哺乳綱（ Mammalia）偶蹄目（ Artiodactyla）?？疲?Bovidae）牛屬（ Bos），牦牛染色體核型為2n=60，基因組中共包含2,645.15 Mb堿基信息。本研究在已公布的野生牦?；蚪M測(cè)序基礎(chǔ)上做了以下實(shí)驗(yàn)：對(duì)野生牦?；蚪M部分微衛(wèi)星序列特征進(jìn)行分析與統(tǒng)計(jì)；以麥洼牦牛為樣本篩選多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記；利用成功篩選的微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)麥洼牦?，F(xiàn)有群體遺傳多樣性和種群遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。

2、主要研究結(jié)果如下：
　　1.牦牛基因組微衛(wèi)星重復(fù)序列特征分析
　　通過對(duì)野牦牛部分基因組，即251540707 bp(占全基因組的9.51％)的序列進(jìn)行微衛(wèi)星序列搜索，共找到43409個(gè)微衛(wèi)星重復(fù)序列位點(diǎn)，根據(jù)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)連續(xù)型微衛(wèi)星位點(diǎn)的數(shù)量有42063個(gè)，占到總數(shù)的96.734%，間斷型微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)量（1009個(gè)）占總數(shù)的2.320%，復(fù)合型微衛(wèi)星位點(diǎn)最少(411個(gè))，僅占總數(shù)的0.945%；根據(jù)重復(fù)單元分為二堿基重復(fù)、

3、三堿基重復(fù)、四堿基重復(fù)、五堿基重復(fù)。分析發(fā)現(xiàn)，在野牦牛基因組中五堿基的總量最多，為16787個(gè)，占總量的38.59%；其次二堿基的總數(shù)量是12377個(gè)，占28.45%；三堿基的數(shù)量為9466個(gè)，占21.76%；最后是四堿基和六堿基，六堿基的含量最少，僅占總量的2.33%。緊接著又對(duì)連續(xù)型的各重復(fù)單元進(jìn)行細(xì)致分析， AC(AC/CA/TG/GT)、 AGC(TCG)、AAAT(TTTA)、ACTGA（ TGACT）、TGAAAG(ACTT

4、TC)分別是在二堿基重復(fù)、三堿基重復(fù)、四堿基重復(fù)、五堿基重復(fù)、六堿基重復(fù)類型中含量最高的微衛(wèi)星重復(fù)，分別占其對(duì)應(yīng)總量的60.15%、31.04%、18.36%、19.36%和11.05%。
　　2.利用麥洼牦牛篩選驗(yàn)證從基因組獲得的微衛(wèi)星
　　從基因組獲得的微衛(wèi)星序列中篩選出適合引物設(shè)計(jì)的序列，在其核心序列的兩側(cè)翼上設(shè)計(jì)引物，然后利用麥洼牦?；蚪M DNA為模板進(jìn)行微衛(wèi)星位點(diǎn)擴(kuò)增，通過聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)篩選具有多態(tài)性的微

5、衛(wèi)星標(biāo)記。在本研究中，共設(shè)計(jì)了470對(duì)微衛(wèi)星引物，共成功篩選了77對(duì)微衛(wèi)星引物，其中包含35個(gè)二堿基重復(fù)位點(diǎn)、15個(gè)三堿基重復(fù)位點(diǎn)、15個(gè)四堿基重復(fù)位點(diǎn)、12個(gè)五堿基重復(fù)位點(diǎn)，篩選成功比率分別為46.1%、31.9%、33.3%、30%。挑選出具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn)的樣本送出測(cè)序，其結(jié)果驗(yàn)證了實(shí)驗(yàn)的正確性。
　　3.麥洼牦牛微衛(wèi)星位點(diǎn)的遺傳結(jié)構(gòu)和群體分析
　　實(shí)驗(yàn)篩選出的77對(duì)引物，分別對(duì)191個(gè)麥洼牦牛基因組 DNA樣本進(jìn)

6、行位點(diǎn)擴(kuò)增，通過使用聚丙烯酰胺凝膠實(shí)驗(yàn)或毛細(xì)管電泳實(shí)驗(yàn)對(duì)瓊脂糖效果明顯的個(gè)體進(jìn)行基因分型，得到的基因型數(shù)據(jù)通過Cervus3.0和 Genepop4.2軟件進(jìn)行位點(diǎn)多態(tài)性分析，并使用 Structure3.0軟件對(duì)麥洼牦牛群體遺傳分化特征進(jìn)行分析。二堿基、三堿基、四堿基、五堿基微衛(wèi)星位點(diǎn)的平均等位基因位點(diǎn)數(shù)(N)分別為10.943、9.267、4.2、2.75個(gè)，平均觀測(cè)雜合度(Ho)分別為0.7346、0.5041、0.4191、0.

7、3830，平均期望雜合度(He)分別為0.7921、0.8152、0.5814、0.4501，平均多態(tài)位點(diǎn)含量(PIC)分別為0.7617、0.7831、0.5130、0.3652。大部分的微衛(wèi)星標(biāo)記具有高度多態(tài)性(40個(gè)， PIC>0.5)，中度多態(tài)性有28個(gè)(0.25