24923.單核苷酸重復(fù)序列與密碼子對偏好性的研究

1、碩士學(xué)位論文MSDissertation單核苷酸重復(fù)序列與密碼子對偏好性的研究Avoidanceoflongmononucleotiderepeatsincodonpairusage茍曉曦XiaoxiGou導(dǎo)師：田大成教授楊四海副教授Mentor：ProfDachengTianAssociateProfSihaiYang南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院SchoolofLifeSciences，NanjingUniversity南京中國南尿甲國Nan

2、jing，China2011年5月May2011畢業(yè)論文題目：望核董酸重復(fù)莊到皇蜜蛩王牡偏妊絲故研究指導(dǎo)教師(姓名、職稱)：旦太盛塾攫拯四瀣副夔援摘要蛋白質(zhì)是生物的重要組成部分，地球上任何生命體的蛋白質(zhì)合成都是由密碼子所介導(dǎo)。在64種密碼子中，雖然有些密碼子編碼同一種氨基酸，但它們的使用頻率卻常常差異很大。人們對導(dǎo)致密碼子使用偏好的因素進(jìn)行了很多研究，但對于單核苷酸重復(fù)這一高突變因素所引起的密碼子及密碼子對使用頻率的改變卻知之甚少。在本

3、研究中，我們在53種細(xì)菌，68種古細(xì)菌和13種真核生物中進(jìn)行了單核苷酸重復(fù)及密碼子對使用偏好的全基因組調(diào)查。在將密碼子使用偏好同密碼子對使用偏好區(qū)分開之后，我們揭示了四種基本的單核苷酸重復(fù)的避讓模式：密碼子對中5—6個單核苷酸重復(fù)的強(qiáng)避讓模式；C—G重復(fù)的密碼子對(C—G對)比A—T重復(fù)的密碼子對(AT對)其觀測值／期望值(o／e)要低；基因組的GC含量與包含單核苷酸重復(fù)密碼子對的o／e值呈負(fù)相關(guān)，尤其是C—G對；在高度保守的基因中，C