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1、中國(guó)科學(xué)院研究生院碩士學(xué)位論文轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋算法研究與軟件實(shí)現(xiàn)姓名：劉遵明申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：生物信息學(xué)指導(dǎo)教師：于軍；吳佳妍201204ABSTRACT_________________—————————’——————_———————————●___________●_______________——__—_，—_____一______________________，_______一ABSTRACTWiththedevelopm
2、entofhigh—throughputnextgenerationDNAsequencing(NGS)technologies，RNAsequencing(RNA—Seq)hasbecomeoneofthemostimportantnewapproachesforbothgeneexpressionanalysisandtranscriptomesanalysisThemaincommercialavailableNGSplatfor
3、msareIllumina／SolexaGenomicAnalyzerRoche／454LifeSciencesGSFLXandABI／AgencourtSOLIDSystemNGStechnologyisalarge—scaleandhighthroughptttechnologywhichconsumeslessmoneyandtimeOntheothersideofthecoin，shortreadslengthcausesmor
4、ebioinformaticsbarriersWhenweobtainedRNA—SeqdatafromNGSplatforms，basicanalysisfollowstwosteps：mapRNASeqreadsteferencegenome，whichiscalledmapping；countreadsnumberanddensitycorrespondtoeachknownexon，spliceeventornewcandida
5、tegene，whichiscalledexpressionquantizationThemaincontentsofthispaperisthesecondstepofthesequencedataannalysis，whichiStheresearchofRNASeqdataannotationTheresearchcontenthavebeendevidedintofoutparts：First，weshouldtakealite
6、ratureresearchandgetthestudyofbackgroundknowledge，whichcanhelpUStounderstandthecurrentannotationtoolandanalysisofthestrengthsandweaknessesofthesetools；andthenconductresearchandanalysisofRNASeqdataannotationalgorithmandto
7、designthealgorithmofthiscomment，whichCanmeasurethegeneexpressioninisoformlevel；thereafterbasedontheshortcomingsanddeficienciesoftheexistingannotationtools，combinedwitltheannotationalgorithmdesignedbythesecondstep，wehaveb
8、eendevelopedanewRNA—Seqdataannotationtool；atlast，annotationalgorithmwehavedesignedshouldbeverifytodeterminetheaccuracyandavailabilityofresults，andweshouldtakeaappropriatetestofthannotationt001Fromwhatdiscussedabove，Wedev
9、elopatoolforRNASeqdataannotationnamedRNADAP(RNASeqdataannotationpipeline)ThispipelinecanevaluategeneexpressioninisoformlevelandbalancetimeconsumingandinternalstoragecostaswellMostimportant，ourpipelinecanbecompatiblewithm
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