15854.蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)方法研究

1、學(xué)校代碼：10225學(xué)號(hào)：S13212學(xué)位論文蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)方法研究指導(dǎo)教師姓名：申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：論文提交日期：授予學(xué)位單位：初硯碩劉亞秋教授碩士2013420東北林業(yè)大學(xué)東北林業(yè)大學(xué)學(xué)科專業(yè)：計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)論文答辯日期：201369授予學(xué)位日期：答辯委員會(huì)主席：論文評(píng)閱人：聾夕厶櫛素大學(xué)摘要摘要參與諸多種類有機(jī)體生命過(guò)程的蛋白質(zhì)相互作用(Proteinproteininteractions，PPIs)是解開(kāi)生命奧秘的關(guān)鍵。隨著科技的

2、發(fā)展，生物實(shí)驗(yàn)所證實(shí)的PPIs數(shù)據(jù)不斷積累且PPIs預(yù)測(cè)方法也不斷地完善。因而，研究PPIs預(yù)測(cè)方法兼具有理論和實(shí)際意義。本文結(jié)合結(jié)構(gòu)域信息和結(jié)構(gòu)域相互作用(Domaindomaininteractions，DDIs)信息構(gòu)建特征向量(DDDIs特征向量)，訓(xùn)練決策樹(shù)(Decisiontree，DT)和支撐向量機(jī)(Supportvectormachine，SVM)兩個(gè)PPIs預(yù)測(cè)器(DTPPIs、SVMPPIs預(yù)測(cè)器)。在DTPPIs預(yù)

3、測(cè)器的構(gòu)建中，本文使用一對(duì)對(duì)偶向量表示蛋白質(zhì)問(wèn)的作用關(guān)系。為使用DTPPIs預(yù)測(cè)器縮減擬南芥PPI數(shù)據(jù)庫(kù)(AtPIN)中非實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的假陽(yáng)性PPIs，對(duì)比了采用不同等級(jí)大小的負(fù)正訓(xùn)練樣本比例的5折交叉驗(yàn)證的敏感性(陽(yáng)性樣本的判別能力)，結(jié)合獨(dú)立的負(fù)測(cè)試樣本的特異性(陰性樣本的判別能力)來(lái)構(gòu)建DTPPIs預(yù)測(cè)器。在SVMPPIs預(yù)測(cè)器的構(gòu)建中，本文針對(duì)DDDIs特征向量提出對(duì)偶式DDDIs核，并驗(yàn)證其有效性。SVMPPIs預(yù)測(cè)器的構(gòu)建依據(jù)多

4、級(jí)密度網(wǎng)格的5折交叉驗(yàn)證尋優(yōu)。根據(jù)基因本體(GO)中對(duì)擬南芥的此生代謝產(chǎn)物芥子油苷的生物合成的注釋基因產(chǎn)物結(jié)合生物學(xué)文獻(xiàn)中參與芥子油苷代謝的基因，通過(guò)DTPPIs預(yù)測(cè)器進(jìn)行對(duì)AtPIN假陽(yáng)性過(guò)濾，構(gòu)建了較可靠、完整的芥子油苷代謝通路PPI網(wǎng)絡(luò)。對(duì)于未參與在該網(wǎng)絡(luò)中的基因ATlG74090和AT5G07690使用SVMPPIs預(yù)測(cè)器進(jìn)行所有可能的PPIs預(yù)測(cè)。進(jìn)而，基于細(xì)胞元件GO分別使用并集交集商(UI)和最大相似路徑長(zhǎng)度(LP)兩種計(jì)