藏族人群15號染色體中心粒區(qū)域基因的單倍型圖譜的構建和FCAR基因與IgA腎病相關關系的研究.pdf

1、遺傳多態(tài)性及其對基因功能的影響是目前基因組學研究的熱點之一。隨著國際單體型圖計劃(HapMap project)數(shù)據(jù)的公布和超高通量基因型鑒定平臺的出現(xiàn)，利用全基因組關聯(lián)分析法(genome-wide association approach)進行復雜性狀/疾病的遺傳變異的研究將很快成為現(xiàn)實。盡管這一方法的檢測效能已得到廣泛認同，但是這一研究對揭示群體遺傳差異程度的要求及怎樣才能最好的運用這些信息去進行研究仍為爭論的熱點。為了探討這個問

2、題，本研究在50例藏族志愿者中對15號染色體中心粒區(qū)域的7個基因進行了測序，鑒定了該區(qū)域中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)、SNP頻率、標簽SNP(tag SNP)、連鎖不平衡(LD)結構和單體型組成，并將以上數(shù)據(jù)和漢族人群進行了比較。同時本研究還對藏漢兩個群體的遺傳差異進行了量化分析。本研究結果顯示藏漢兩個群體間這一區(qū)域在總體上無顯著的遺傳差異，但某些等位基因頻率存在顯著的不同，而等位基因頻率是構建單體型和選擇標簽SNP的決定因素之一。在總

3、體上，和漢族相比這一區(qū)域藏族人群連鎖不平衡區(qū)域較長而遺傳差異較小。本研究為藏漢兩群體間具有很近的親緣關系提供了遺傳學上的證據(jù)，并支持所有群體從根本上是同等的觀點，同時也提示在復雜性狀/疾病的研究中需要考慮群體間的差異，特別是等位基因頻率的差別。本研究所獲數(shù)據(jù)不僅有助于對藏族該區(qū)域基因組結構的理解，而且還對以藏族同胞為研究對象的在這一基因組節(jié)段及其所含基因所進行的研究提供了有用的工具。 IgA腎病是人類各種族中最常見的原發(fā)性腎小球

4、疾病，是引起終末期腎病的主要原發(fā)病之一。IgA腎病屬于復雜疾病。近年來，國際國內(nèi)的研究進展表明遺傳因素是本病病因和發(fā)病機理的關鍵因素之一。IgA及其復合物代謝異常被認為是IgA。腎病的主要發(fā)病機理之一。FCAR是骨髓源細胞膜上的IgAFc特異性受體，IgA/IgA-免疫復合物與其結合后通過內(nèi)吞作用進入細胞，或則被清除，或再循環(huán)至細胞外；IgA-FCAR還可活化胞內(nèi)信號轉導通路；觸發(fā)炎癥反應?，F(xiàn)有FCAR基因遺傳多態(tài)性和IgA腎病相關關系

5、研究僅有的2篇報導均來自于日本人群，且結論恰好相反。這兩個研究的樣本量較小，研究的區(qū)域沒有覆蓋整個FACR基因，實驗設計相對簡單，其結論被認為是不確定的。本研究采用國際全基因組相關研究workshop所推薦的多階段，單倍體和功能性檢驗為基礎的實驗設計對FCAR和IgA腎病的相關關系進行系統(tǒng)的，覆蓋這一基因全基因組節(jié)段的研究。本研究首先對FCAR基因的外顯子、外顯子一內(nèi)含子交界區(qū)及5’端和3’端UTR區(qū)，并包括了第一外顯子上游及最后一個外

6、顯子下游各至少1 Kb的基因組節(jié)段進行了重測序(re-sequence)，構建了基于覆蓋整個基因全基因組節(jié)段的連鎖不平衡結構及每一單倍型域中的單倍型。本研究其次用傳遞不平衡檢驗(TDT)進行了以家庭為基礎的相關關系研究(350個家庭)并鑒定了和IgA腎病相關的單倍型(GATCCC/AATCCC，P=0．004)及其內(nèi)包含的可能有功能意義的SNPs(-114T，P=0．002；-27C，P=0．024)。本研究又進一步在病例一對照研究(5

7、40例病人，513例對照)中檢驗并證實了以家庭為基礎的相關關系研究的結果(GATCCC/AATCCC，P=0．0043；-27T/C，P=0．009)。由于這一相關性單倍型及最可能有功能意義的SNP位于基因的5’端，本研究又進一步進行了瞬時轉染(transient transfection)和等位基因特異性表達差異(allele-specific gene expressassay)研究，其結果表明該陽性的單倍型及SNPs有降低FCAR