基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型描述語(yǔ)言研究.pdf

1、人類(lèi)基因組計(jì)劃的完成標(biāo)志著生物信息學(xué)研究進(jìn)入了后基因時(shí)代，人們開(kāi)始系統(tǒng)的研究基因之間的相互作用關(guān)系，建立起基因及蛋白質(zhì)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，試圖從系統(tǒng)的角度闡述基因的功能。
　　本文主要研究基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的知識(shí)表示。基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的知識(shí)主要包括調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型以及模型中的數(shù)據(jù)和其他相關(guān)信息?，F(xiàn)有的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)表示方法主要有直觀圖形表示、自然語(yǔ)言表示和關(guān)系模式表示；直觀圖形表示和自然語(yǔ)言表示都比較直觀、容易理解，能夠很好的描述基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型的有向

2、圖模型，但都難以表示定量信息，而且表示的信息不利于計(jì)算機(jī)的理解和處理；而關(guān)系模式表示雖然可以加入定量描述，但是其模式必須預(yù)先定義，這使得其不容易擴(kuò)充，這就不能很好的處理不斷發(fā)現(xiàn)的新知識(shí)。
　　本文提出了一種新的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)表示方法：基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)標(biāo)記語(yǔ)言GRML，GRML采用基于XML的知識(shí)表示方式，定義了調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的各個(gè)元素，并規(guī)定它們的語(yǔ)法和賦予它們一定的語(yǔ)義，能夠很好的描述基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的信息。用GRML表示的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型