菊花表型性狀與SSR、SCoT分子標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、菊花（Dendranthema morifolium(Ramat.) Tzvel.）隸屬菊科菊屬，多年生草本植物。菊花種質(zhì)資源豐富，由于形態(tài)易受環(huán)境影響其形態(tài)變異多樣化，給菊花品種的分類、遺傳多樣性研究造成很多難題。對(duì)植物表型性狀的了解及研究是研究植物分類和遺傳多樣性的基礎(chǔ)。關(guān)聯(lián)分析是以自然群體為研究對(duì)象，檢測(cè)標(biāo)記位點(diǎn)，試圖找到與數(shù)量性狀相關(guān)聯(lián)的標(biāo)記位點(diǎn)的分析方法。本文選用99種不同的菊花，對(duì)其表型性狀進(jìn)行測(cè)量并分析，然后與SSR（ S

2、imple Sequence Repeat）、SCoT（Start Codon Targeted Polymorphism）標(biāo)記結(jié)合進(jìn)行相關(guān)性狀的關(guān)聯(lián)分析；期望可以找到SSR、SCoT位點(diǎn)與數(shù)量性狀相關(guān)聯(lián)，為今后菊花分子標(biāo)記輔助育種提供大量的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴通過(guò)用高通量測(cè)序（Roche454 GS FLX+）對(duì)菊花進(jìn)行SSR引物開發(fā)，得到SSR引物序列片段32863條，又使用MISA軟件對(duì)所得結(jié)果進(jìn)行搜索，得

3、到的序列都是具有重復(fù)單元，使用Primer軟件對(duì)菊花SSR引物進(jìn)行設(shè)計(jì)。從設(shè)計(jì)好的SSR引物中隨機(jī)篩選出100對(duì)，對(duì)這100對(duì)SSR引物進(jìn)行篩選得到84對(duì)不能檢測(cè)到條帶或不具有多態(tài)性，16對(duì)具有多態(tài)性，且擴(kuò)增條帶清晰。對(duì)99個(gè)菊花品種對(duì)16對(duì)具有多態(tài)性的SSR引物進(jìn)行擴(kuò)增試驗(yàn)得到，等位基因數(shù)的范圍是9至20，平均為11.187，有效等位基因數(shù)平均為5.2455，期望雜合度與觀測(cè)雜合度的范圍分別是0.4111至0.8896,0.2418至

4、0.8111；多態(tài)信息含量PIC（Polymorphism Information Content）值為0.409（JH47）-0.875（JH41）之間，平均值為0.767；這說(shuō)明SSR分子標(biāo)記可用于菊花品種遺傳多樣性的研究。⑵通過(guò)表型變異系數(shù)分析得知，菊花各品種的表型性狀的品種間的變異均大于品種內(nèi)的變異；且品種內(nèi)的變異均小于0.200品種間的變異均大于0.200，個(gè)別品種間的變異大于0.600。對(duì)主成分分析得知，可分為5個(gè)主成分且累

5、計(jì)貢獻(xiàn)率為77.417％，在第一主成分中葉部性狀中葉柄長(zhǎng)度與葉片長(zhǎng)度的貢獻(xiàn)值最大，在其他主成分中株高、花序直徑、舌狀花長(zhǎng)度與葉片寬度的貢獻(xiàn)值較大。說(shuō)明在形態(tài)學(xué)分類研究中花部性狀與葉部性狀對(duì)其研究很重要。⑶用99個(gè)菊花品種對(duì)篩選出的10條條帶較清晰、穩(wěn)定的SCoT引物進(jìn)行擴(kuò)增，得到具有多態(tài)性的條帶240條，多態(tài)信息含量PIC值為0.849至0.961之間，平均值為0.930。在菊花的遺傳多樣性研究中，SCoT分子標(biāo)記可以較好的表達(dá)其遺傳多

6、樣性。⑷SSR、SCoT標(biāo)記的群體結(jié)構(gòu)分析得知，可將99個(gè)菊花品種分別劃分為5個(gè)群體與2個(gè)群體，這與傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)的分類不完全一致，這說(shuō)明菊花各個(gè)品種間存在較大的基因滲透的現(xiàn)象。⑸通過(guò)關(guān)聯(lián)分析中一般線性模型（general linear model，GLM）分析得知，在16個(gè)SSR位點(diǎn)中有8個(gè)位點(diǎn)與7個(gè)菊花的表型性狀相關(guān)聯(lián)（P＜0.01）。其中花部性狀有3個(gè)分別為花序直徑、花序高度、舌花寬度，與其相關(guān)的位點(diǎn)有5個(gè)；葉部性狀有4個(gè)分別為葉柄