O型口蹄疫病毒東南亞基因型全長的克隆和序列分析.pdf

1、口蹄疫(foot-and-mouth disease，F(xiàn)MD)是由FMDV引起的偶蹄動物的一種烈性傳染病，該病的發(fā)生和流行嚴重危害畜牧業(yè)的發(fā)展以及相關(guān)產(chǎn)品的對外貿(mào)易，因此，世界各國非常重視對該病的研究。 根據(jù)FMDV基因組和克隆載體的限制性酶切位點，將FMDV HW04株基因組分5段進行反轉(zhuǎn)錄和PCR擴增，獲得的片段經(jīng)克隆、序列測定和組裝，獲得基因組全長cDNA。在克隆并組裝后的全長基因組cDNA的5’端上游引入了T7啟動子序列

2、，在3’末端加一個特異性的限制性酶切位點。經(jīng)過序列分析表明，首次獲得了豬源O型FMDV東南亞基因型毒株全基因組序列。 該基因組全長為8224bp，開放閱讀框長6999nt，起始和終止密碼子分別為AUG和UAA，編碼由2333個氨基酸組成的多聚蛋白；5’-UTR和30’-UTR分別為1095和92nt：L基因、P1、P2和P3區(qū)分別涵蓋603、2208、1464和2721個nt;Poly(C)為17bp，Poly(A)為38bp。

3、VP1基因遺傳進化樹分析表明，HW04株與O-MYA-7-98同源性最高，其核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分別為93.3％和94.4％，由此確定該株病毒為O型東南亞基因型FMDV。HW04株的L基因與OMⅢ同源性最高，為86.4％;HW04株3A編碼區(qū)全長為459 bp，沒有發(fā)現(xiàn)缺失，其氨基酸與牛源毒株O-HKN-17-82的同源性最高。 對HW04株L和3A蛋白潛在的修飾位點進行預(yù)測發(fā)現(xiàn)，該毒株L蛋白存在2個糖基化位點，與3個

4、豬源O-SKR-2002、O-Taiwan Yunlin和Tau-YuanTW97毒株一致，且這3個豬源毒株均來自牛體；通過BLAST檢索到13個豬源和10個牛源參考序列，進一步對3A氨基酸的蛋自修飾基序進行分析發(fā)現(xiàn),10個牛源毒株和4個(O-BUR-6-89、O-SKR-2002、O-CAM-1-98、和HW04)豬源毒株在92～101位無氨基酸缺失，其余10個豬源毒株的3A蛋白在第92位～101位缺失lO個氨基酸。根據(jù)以上分析認為，