非正態(tài)驗(yàn)證性因子分析在基因整體效應(yīng)中的應(yīng)用.pdf

1、在后基因組時(shí)代，單核苷酸多態(tài)性（single-nucleotidepolymorphisms，SNPs）研究已成為生物醫(yī)學(xué)研究的熱點(diǎn)。這是因?yàn)镾NPs是最常見的人類序列變異，廣泛分布在人類DNA中，且SNPs的檢測(cè)已自動(dòng)化。目前，與SNPs相適應(yīng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，已成為統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)。有學(xué)者將潛在結(jié)構(gòu)模型（latent structural model）或潛變量模型(latent variable model)引入單體型或高維SN

2、Ps整體效應(yīng)的關(guān)聯(lián)分析及其相關(guān)的推斷性研究。但潛變量模型要求觀測(cè)變量與潛變量服從正態(tài)分布，SNPs數(shù)據(jù)無(wú)論以何種遺傳模式量化，都違背其正態(tài)假定。為此，本文針對(duì)SNPs數(shù)據(jù)不服從正態(tài)分布的情況，擬采用S-B估計(jì)方法擬合驗(yàn)證性因子模型，進(jìn)行SNPs整體效應(yīng)和關(guān)聯(lián)性分析。
　　 本文詳細(xì)介紹了驗(yàn)證性因子模型的有關(guān)理論，包括模型概述、模型參數(shù)估計(jì)、模型擬合評(píng)價(jià)及模型修正的相關(guān)內(nèi)容。其中著重介紹模型參數(shù)估計(jì)的幾種方法：最大似然估計(jì)、Bro

3、wne's漸近任意分布方法、S-B測(cè)度調(diào)整(scaled)估計(jì)。并對(duì)幾種方法方法做比較，得出S-B估計(jì)方法為最適合處理SNPs數(shù)據(jù)的參數(shù)估計(jì)方法。
　　 在此理論的基礎(chǔ)上，用GAW17提供的SNPs數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)例分析。本次研究隨機(jī)選取2號(hào)染色體上，分布在6個(gè)基因之中的13個(gè)SNPs作為研究對(duì)象，結(jié)果顯示：ML估計(jì)方法卡方自由度比X2／df=3.59，S-B調(diào)整估計(jì)方法卡方自由度x2／df=2.89，ML估計(jì)法RMSEA=0.061

4、，S-B調(diào)整估計(jì)法RMSEA=0.052。此結(jié)果表示使用S-B調(diào)整方法得到的擬合指標(biāo)較ML法好，說明在處理SNPs數(shù)據(jù)時(shí)，使用S-B估計(jì)能得到更好的擬合模型。此外，由于6個(gè)基因之間的相關(guān)系數(shù)很大，所以將這6個(gè)基因作為初階因子，做二階驗(yàn)證性因子分析，能得到一個(gè)擬合很好、簡(jiǎn)潔的二階模型。該實(shí)例通過GAW17提供的模擬數(shù)據(jù)，對(duì)選取的6個(gè)基因做潛變量得分，然后對(duì)基因和疾病感染做f檢驗(yàn)，得出6個(gè)基因?qū)υ摳腥径加杏绊懀梢酝茰y(cè)這6個(gè)基因下的13個(gè)S