桃高密度SNP圖譜構(gòu)建與果實(shí)質(zhì)地和酸度全基因組關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、桃(Prunus persica[L.] Batsch)原產(chǎn)中國，是世界上栽培范圍最為廣泛的樹種，也是薔薇科李屬重要的核果類果樹。果實(shí)質(zhì)地與酸度是果實(shí)品質(zhì)的重要指標(biāo)，硬溶質(zhì)可延長桃的貨架期，酸含量是決定果實(shí)口感的主要因素之一。但不同的遺傳群體其遺傳基礎(chǔ)目前仍不清楚，蘊(yùn)藏著較大的研究價(jià)值。我國是桃的起源地，資源豐富，因此有必要探索與質(zhì)地和酸度相關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記，從而在分子水平上闡明其遺傳機(jī)理，了解其遺傳特性，這對(duì)培育高品質(zhì)桃品種具有重大意義

2、。本研究利用8個(gè)高多態(tài)性的SSR標(biāo)記對(duì)親本組合‘Chula’ב02-25-106’及其593個(gè)雜交后代在ABI3130測序系統(tǒng)中進(jìn)行親子鑒定，選擇出真雜種為雜交群體，采用Iluminapeach9K SNP芯片對(duì)親本及篩選的雜交群體進(jìn)行SNP位點(diǎn)檢測，構(gòu)建遺傳連鎖圖譜以及簡單性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析和QTL定位。主要結(jié)果如下:
　　1.雜交實(shí)生苗的親子鑒定及分析
　　從桃T×E遺傳連鎖圖譜上選取均勻分布于8條連鎖群上的16對(duì)

3、SSR引物，以母本‘Chula’和父本‘02-25-106’為模板，進(jìn)行SSR測試，從中篩選出8對(duì)具有父本特征性條帶且清晰的SSR引物。對(duì)595份桃葉片（包含親本）DNA進(jìn)行SSR擴(kuò)增，結(jié)果表明，具有父本特征條帶的真雜種有386個(gè)。從鑒定出來的真雜種中篩選出220個(gè)已有果實(shí)表型數(shù)據(jù)記錄的子代用于Illumina peach9K SNP芯片基因分型。
　　2.桃雜交群體SNP遺傳圖譜構(gòu)建
　　利用Illumina peach9

4、K SNP芯片對(duì)兩個(gè)親本和216個(gè)F1子代進(jìn)行基因分型，產(chǎn)生8，144個(gè)SNP位點(diǎn)，利用JoinMap4.0對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行篩選，去除沒有多態(tài)性的位點(diǎn)，共得到3，506個(gè)SNP位點(diǎn)，多態(tài)性比率為43.1％。根據(jù)卡方檢驗(yàn)，去除子代中出現(xiàn)偏分離的SNP位點(diǎn)，最終構(gòu)建得到一張由216個(gè)個(gè)體包含1，021個(gè)SNP位點(diǎn)的高密度圖譜。這1021個(gè)SNP位點(diǎn)分布于桃的8條連鎖群上，圖譜全長529.7cM，平均距離為0.53cM，基因組平均覆蓋度為91％

5、，每1個(gè)cM有1.92個(gè)SNP。
　　3.基于Illumina peach9K SNP芯片的全基因組關(guān)聯(lián)分析及QTL定位
　　對(duì)親本及F1子代的成熟期、單果重、果實(shí)硬度、肉質(zhì)、酸甜度、著色度、香氣等7個(gè)表型性狀的數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)與分析，采用復(fù)合區(qū)間作圖法篩選與這些性狀相關(guān)的QTLs位點(diǎn)。本研究中主要分析了與質(zhì)地（軟溶質(zhì)和硬溶質(zhì)）和酸度相關(guān)的QTLs，其結(jié)果如下:共檢測到與這些表型性狀相關(guān)的13個(gè)QTLs，QTL定位結(jié)果分為三類。

6、在雙親都分離的類型中與酸度關(guān)聯(lián)的QTL有2個(gè)，均位于第5連鎖群上，其中表型變異解釋率最高為86.7％，與其關(guān)聯(lián)的SNP標(biāo)記為SNP_IGA_545261，其中基因型為AG和AA與低酸性相關(guān)，基因型為GG與酸性較高相關(guān)。與質(zhì)地性狀關(guān)聯(lián)QTL有5個(gè)，分別位于LG3、LG4、LG7、LG8上，其中位于第7連鎖群上的QTL表型變異解釋率最高，為52.5％，與其關(guān)聯(lián)的SNP標(biāo)記為SNP_IGA_787064，其中基因型為TC與軟溶質(zhì)相關(guān)，與硬溶質(zhì)