生物信息二級數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)分層框架模型研究.pdf

1、二十一世紀是生命科學的世紀,近年來生物信息學得到了前所未有的發(fā)展.生物信息二級數(shù)據(jù)庫是生物信息學中的一個重要研究方向,由于生物信息數(shù)據(jù)的復雜性及其分析應用的復雜性,至今沒有一種比較通用的構建模型能夠滿足一般性生物信息二級數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的開發(fā)需要.面對生物信息領域倡導的分布式計算及共享式開發(fā)的要求,采用Web服務技術和分層的思路,給出了一個通用的生物信息二級數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)構建模型WSMLFM,其主導思路是:對普通的三層構架進行了基于Web服務的擴

2、充且各層之間相互獨立;用Web服務來包裝本地應用及應用背后的數(shù)據(jù)信息使其成為可共享組件;專門設定一個服務復合層來處理Web服務(無論來自本地或Internet)的整合,以支持更復雜的業(yè)務流程;針對異構數(shù)據(jù)的集成和數(shù)據(jù)格式的轉換,由數(shù)據(jù)處理層提供給數(shù)據(jù)管理員和上層應用以不同的操作視圖.數(shù)據(jù)處理層、服務層、服務復合層是WSMLFM達到通用的關鍵.數(shù)據(jù)處理層采用了一個以數(shù)據(jù)倉庫方法為主、虛擬本地數(shù)據(jù)庫方法為輔的基于XML的框架;對于目前相同(

3、或相近)功能的生物信息Web服務提供不同服務接口以致嚴重制約系統(tǒng)開發(fā)水平的狀況,在傳統(tǒng)的Web服務三角色體系結構的基礎上增加一個角色——服務接口提供者(SIP)來管理服務的接口規(guī)范,并由WSDL和UDDI配合實現(xiàn)服務實現(xiàn)和接口的分離,從而建立基于統(tǒng)一接口的生物信息Web服務.基于上述思想,服務層在四角色體系結構下封裝Web服務;服務復合層將Web服務與業(yè)務流程結合起來,并用BPEL4WS語言來描述.WSMLFM的實施在國家863項目——