基于約束的方法查找細(xì)胞周期網(wǎng)絡(luò)的骨干模體.pdf

1、隨著生命基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究的發(fā)展，人類對(duì)生物大分子的研究理論進(jìn)入了系統(tǒng)生物學(xué)的研究水平，即從原來(lái)的基因序列測(cè)序工作轉(zhuǎn)變?yōu)閷?duì)與整個(gè)系統(tǒng)相互關(guān)聯(lián)的一系列生命活動(dòng)進(jìn)行研究。在生物分子網(wǎng)絡(luò)中抽取其所隱含的有效信息--如系統(tǒng)結(jié)構(gòu)組織原理，系統(tǒng)功能結(jié)構(gòu)單位，網(wǎng)絡(luò)特殊性質(zhì)規(guī)律等--是當(dāng)前系統(tǒng)生物科學(xué)研究工作所面臨的重大挑戰(zhàn)之一。
　　Wang Guanyu等人提出了一種骨干模體查找算法，來(lái)研究基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)力學(xué)特性。算法采用布爾網(wǎng)絡(luò)模型

2、作為網(wǎng)絡(luò)動(dòng)力學(xué)模型，結(jié)合網(wǎng)絡(luò)狀態(tài)時(shí)間過(guò)程數(shù)據(jù)建立方程組，并運(yùn)用代數(shù)解析方法求解方程組得到可行解集合，最后從中搜索出符合實(shí)際網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的骨干模體。算法中存在一個(gè)問(wèn)題，在求解網(wǎng)絡(luò)骨干模體過(guò)程中，可行解網(wǎng)絡(luò)集合空間特別大，從而使得骨干模體的搜索空間很大，效率較低。
　　在深刻理解問(wèn)題的基礎(chǔ)上，本文對(duì)這個(gè)算法進(jìn)行了改進(jìn)，利用增加條件約束的方法縮小可行解網(wǎng)絡(luò)集合空間并在其中進(jìn)行引導(dǎo)性的搜索，提高了骨干模體查找的效率。實(shí)驗(yàn)在芽殖酵母和裂殖酵母的