河北釘螺微衛(wèi)星遺傳變異的小尺度空間自相關(guān)分析.pdf

1、第一部分湖北釘螺微衛(wèi)星錨定PCR產(chǎn)物序列分析
　　 [目的]分析安徽貴池、四川普格、福建福清、廣西宜州4個種群湖北釘螺基因組DNA錨定PCR擴增產(chǎn)物,分析產(chǎn)物中微衛(wèi)星序列的特點,分析微衛(wèi)星的側(cè)翼序列并以此設(shè)計擴增微衛(wèi)星序列所需引物。
　　 [方法]以(CA)8RY為引物對湖北釘螺基因組DNA進行微衛(wèi)星錨定PCR擴增,對全部的159個擴增片段進行TA克隆后測定其中82個片段的核苷酸序列,用RepeatMasker軟件來分析

2、核苷酸序列中的微衛(wèi)星及側(cè)翼序列。
　　 [結(jié)果]微衛(wèi)星錨定PCR的擴增產(chǎn)物是湖北釘螺基因組DNA上的散在區(qū)域,不是微衛(wèi)星序列,但擴增產(chǎn)物中含有微衛(wèi)星序列,測序的82個片段中36個克隆片段含有微衛(wèi)星序列。微衛(wèi)星序列其側(cè)翼序列有一定的保守性,同一個微衛(wèi)星的側(cè)翼序列多數(shù)情況下是相同的。(GA/CT)n、(TTAGGG/CCCTAA)n兩類微衛(wèi)星在4個釘螺種群中均有發(fā)現(xiàn),(CAA)n僅在福建福清種群中發(fā)現(xiàn),(TCTCTG)n僅在安徽貴池

3、種群中發(fā)現(xiàn),(GAA/TTC)n、(CAA/TTG)n、(CAT)n三種微衛(wèi)星序列僅在四川普格種群中發(fā)現(xiàn)。
　　 [結(jié)論]微衛(wèi)星錨定PCR的擴增產(chǎn)物不是微衛(wèi)星序列,錨定PCR結(jié)果的分析應(yīng)當類似于隨機擴增多態(tài)性DNA;微衛(wèi)星錨定PCR不能有效體現(xiàn)微衛(wèi)星序列作為分子標記的優(yōu)勢;最佳做法應(yīng)當根據(jù)微衛(wèi)星的側(cè)翼序列設(shè)計用于擴增微衛(wèi)星序列的引物,對微衛(wèi)星進行PCR擴增并進行分析。
　　 第二部分四川普格釘螺微衛(wèi)星遺傳變異的空間自相關(guān)

4、分析
　　 [目的]通過對四川普格縣的湖北釘螺自然居群的微衛(wèi)星遺傳變異進行空間自相關(guān)分析,初步了解當?shù)蒯斅葸z傳變異的空間結(jié)構(gòu),以探討湖北釘螺自然居群遺傳變異的空間分布特征。
　　 [方法]采樣時用GPS機記錄每只釘螺的經(jīng)緯度及海拔高度;通過預(yù)試驗篩選5對SSR引物對166只湖北釘螺基因組DNA進行擴增,將擴增條帶作為等位基因分析;選擇出現(xiàn)頻率在15％-85％的72個擴增條帶,運用等樣本對頻率方法劃分14個距離等級,分別計

5、算各距離等級的空間自相關(guān)系數(shù)Moran'sI,并對Moran'sI進行Z檢驗。
　　 [結(jié)果]5對引物經(jīng)PCR擴增共得到274個條帶,這些擴增條帶的平均多態(tài)信息量高達0.965,表現(xiàn)出很高的遺傳多態(tài)性;39個微衛(wèi)星擴增條帶的遺傳變異存在一定程度的空間結(jié)構(gòu),表現(xiàn)為不同模式的正空問自相關(guān);根據(jù)這39個條帶在14個距離等級上的平均Moran'sI值可以發(fā)現(xiàn)隨著距離增大正空間自相關(guān)性逐漸減小,但未發(fā)現(xiàn)表現(xiàn)為負空間自相關(guān)的距離等級和條帶。