基于DrSNP系統(tǒng)的SNP篩選策略的研究和實(shí)現(xiàn).pdf

1、人類基因組計(jì)劃的逐步完成使得研究基因組之間的個(gè)體差異成為可能，單核苷酸多態(tài)性(SNP)就是個(gè)體差異中最主要的一種。個(gè)體間SNP的差異影響了人們罹患疾病的不同風(fēng)險(xiǎn)和對(duì)藥物的不同反應(yīng)。因而研究SNP位點(diǎn)與疾病相關(guān)性對(duì)于多基因疾病的診斷和治療有著重要的意義?；诖?，實(shí)驗(yàn)室開發(fā)了一套利用生物芯片技術(shù)批量的檢測大樣本SNP基因型的流程。作為這個(gè)流程的重要環(huán)節(jié)，本文從生物信息學(xué)的角度設(shè)計(jì)了疾病相關(guān)的SNP數(shù)據(jù)庫平臺(tái)系統(tǒng)(DrSNP)，并著重研究了S

2、NP的篩選。 在進(jìn)行SNP與疾病的相關(guān)性研究中，涉及到大量的信息，其中包括SNP位點(diǎn)信息，病人樣本信息和生物芯片實(shí)驗(yàn)的相關(guān)信息。在本文中，我們構(gòu)建了DrSNP數(shù)據(jù)庫平臺(tái)來篩選、管理和分析這三部分?jǐn)?shù)據(jù)，并完整提供了從SNP篩選到病人樣本管理，再到生物芯片實(shí)驗(yàn)，最后獲得實(shí)驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果一系列功能。 在一次完整地研究流程中，SNP的篩選作為流程的第一步往往對(duì)后續(xù)的芯片實(shí)驗(yàn)的成功與否起著至關(guān)重要的影響。針對(duì)SNP的篩選，本

3、文從基因組結(jié)構(gòu)的角度，提出了多種SNP篩選方法。同時(shí)，我們對(duì)這些方法的實(shí)現(xiàn)難度和優(yōu)先級(jí)進(jìn)行了評(píng)價(jià)。最終給出了篩選SNP的一般思路。 SNP的篩選是基于大量的基因組序列數(shù)據(jù)及其注釋信息進(jìn)行的。我們從NCBIGenebank、UCSCgenome、dbSNP、dbTSS、peseudogene、Transfac等國際數(shù)據(jù)庫獲取了大量原始序列數(shù)據(jù)后，利用多種生物信息學(xué)方法在這些原始數(shù)據(jù)中挖掘二次信息，得到了詳盡的全基因組編碼基因啟動(dòng)

4、子區(qū)的各種調(diào)控元件的信息?；谶@些信息，我們構(gòu)建了篩選相關(guān)的數(shù)據(jù)庫。通過數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)優(yōu)化，我們還實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)的自動(dòng)更新以及模糊查詢等功能。 最后，在構(gòu)建SNP篩選數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上，我們利用JSP技術(shù)實(shí)現(xiàn)了基于web的SNP查詢系統(tǒng)。在這個(gè)過程中，我們設(shè)計(jì)了一個(gè)可以同時(shí)顯示基因模型和SNP表單的頁面結(jié)構(gòu)。這個(gè)篩選頁面可以實(shí)現(xiàn)從基因、基因家族、染色體等多個(gè)層面上的SNP的檢索和篩選。同時(shí)它還作為一個(gè)有效的框架，可以為今后的其它SNP篩選