Tom20識別線粒體前導(dǎo)肽序列機制的分子模擬研究.pdf

1、多肽與蛋白質(zhì)的對接研究具有重要的理論價值和實用價值。多肽分子因其易合成、生理活性強及免疫原性低等特性越來越受到藥物開發(fā)者的青睞。然而由于多肽分子大小一般介于蛋白質(zhì)和小分子之間，對其柔性設(shè)置更難把握，因此多肽的分子對接模擬相比蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接以及蛋白質(zhì)-小分子對接更困難。
　　 Tom20是線粒體外膜上可以識別線粒體前導(dǎo)肽的重要受體，本文采用一套基于已知生化知識的蛋白質(zhì)-多肽對接方案對 Tom20與兩種線粒體前導(dǎo)肽的識別進行了研

2、究。首先利用Haddock軟件獲得了 Tom20胞外區(qū)域的自由態(tài)結(jié)構(gòu)。同時我們使用軟件 SPDBV對從 UniProtKB檢索得到的兩種線粒體前導(dǎo)肽Q5RDG3(1-15)和 Q8K411(1-15)進行了標準α構(gòu)象建模。而后利用“兩次對接”策略在對接模擬過程中引入了對前導(dǎo)肽初始構(gòu)象的優(yōu)化處理和柔性處理。
　　 通過對對接結(jié)果進行分析我們發(fā)現(xiàn)這兩種線粒體前導(dǎo)肽均能結(jié)合在 Tom20的α1～α3螺旋所形成的淺槽中，并且Tom20的