基于茶樹基因組信息的SSR分子標(biāo)記的篩選及其初步應(yīng)用.pdf

1、SSR標(biāo)記具有其他分子標(biāo)記無可比擬的優(yōu)越性，但是SSR引物的開發(fā)必須預(yù)先知道核酸序列信息，因此目前報(bào)道的茶樹SSR引物均為來源于茶樹基因組編碼區(qū)，即EST-SSR，但是其與基于基因組信息的SSR(gSSR)相比，多態(tài)性較低。而有關(guān)茶樹gSSR分子標(biāo)記的開發(fā)鮮見報(bào)道。本研究利用本實(shí)驗(yàn)室前期研究獲得的茶樹基因組序列的初步數(shù)據(jù)，試圖開發(fā)一批茶樹gSSR引物，并建立茶樹gSSR標(biāo)記技術(shù)體系，旨在開發(fā)出高質(zhì)量的茶樹gSSR標(biāo)記，為茶樹的遺傳多樣性

2、分析、構(gòu)建高質(zhì)量的茶樹遺傳圖譜、系統(tǒng)分類、親緣關(guān)系分子標(biāo)記輔助育種等研究提供依據(jù)。論文所取得的結(jié)果如下：
　　 1.對(duì)現(xiàn)有提取茶樹基因組DNA提取方法進(jìn)行了適當(dāng)改進(jìn)，獲得了可以同時(shí)提取多種茶樹鮮葉高質(zhì)量DNA的方法。
　　 2.對(duì)茶樹SSR-PCR反應(yīng)體系進(jìn)行優(yōu)化，建立適合擴(kuò)增多個(gè)樣品和多對(duì)引物的擴(kuò)增反應(yīng)體系；對(duì)變性聚丙烯酰胺凝膠的交聯(lián)度進(jìn)行優(yōu)化表明，聚丙烯酰胺凝膠的交聯(lián)度為5.0％時(shí)，分離條帶效果最佳
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3、.基于茶樹基因組序列信息，共設(shè)計(jì)了228對(duì)用于gSSR擴(kuò)增的引物，結(jié)果有86對(duì)擴(kuò)增效果較好，擴(kuò)增片段大小在150bp-400bp；經(jīng)過8％變性聚丙烯酰胺凝膠電泳和銀染后，其中的27對(duì)引物擴(kuò)增的特異性條帶具有多態(tài)性，能用于SSR多態(tài)性分析。
　　 4.利用已開發(fā)的27對(duì)茶樹gSSR引物，對(duì)24個(gè)包括來自云南的野生古茶樹、野生古茶樹自然雜交群體和現(xiàn)行的栽培種茶樹樣品進(jìn)行遺傳多樣性分析，結(jié)果共檢測(cè)出95個(gè)等位位點(diǎn)和158種基因型；每對(duì)

4、引物可檢測(cè)到的等位位點(diǎn)數(shù)和基因型數(shù)分別為2-6個(gè)和3-11種；平均等位位點(diǎn)數(shù)、平均基因型數(shù)和PIC值分別為3.52、5.85與0.45；Nei指數(shù)的范圍在0.05-0.72之間，其平均值為0.51；Shannon信息指數(shù)(I)在0.11-1.54內(nèi)，其平均值為0.91；觀測(cè)雜合度(Ho)為0.10-0.52，平均為0.2785；期望雜合度(He)為0.05-0.78，平均為0.52；遺傳相似系數(shù)在0.51-0.85之間。這些結(jié)果提示所檢