基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)計算識別RNA編輯位點和可變剪接事件.pdf

1、蘇州大學(xué)學(xué)位論文獨創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所提交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨立進行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不含其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不含為獲得蘇州大學(xué)或其它教育機構(gòu)的學(xué)位證書而使用過的材料。對本文的研究作出重要貢獻的個人和集體，均已在文中以明確方式標明。本人承擔(dān)本聲明的法律責(zé)任。論文作者簽名：塞絲毒El期：呈壁12：壘望：叢基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)計算識別RNA編輯位點和可變剪接事件中

2、文摘要基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)計算識別RNA編輯位點和可變剪接事件爭’l十中文摘要RNA編輯和可變剪接是兩種重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控事件，有關(guān)RNA編輯和可變剪接的研究是功能基因組時代的重要前沿問題之一。本文主要圍繞RNA編輯位點和可變剪接事件的識別這一問題開展研究，主要包括下面兩部分內(nèi)容：首先，使用黑猩猩轉(zhuǎn)錄組測序(RNASeq)數(shù)據(jù)識別RNA編輯位點。通過RNASeq序列與基因組序列的比對信息發(fā)現(xiàn)RNADNA錯配位點，并構(gòu)建編輯位點候選集。從中濾

3、除基因組測序質(zhì)量低的位點、單核苷酸多態(tài)性位點、隨機測序錯誤等干擾，得到8334個RNA編輯位點。選取落在已知基因上的編輯位點進行生物學(xué)功能分析，并分析編輯位點上下游序列的特征。其次，本文使用果蠅RNASeq數(shù)據(jù)識別剪接位點和可變剪接事件。使用TopHat軟件成功識別出39718個果蠅剪接位點，其中10584個新剪接位點。基于剪接位點的不同組合，針對各類型可變剪接特征開發(fā)出計算識別算法，成功應(yīng)用于可變供體位點、可變受體位點、內(nèi)含子保留和外

4、顯子缺失四種可變剪接類型。最終識別出8477個可變剪接事件，其中新可變剪接事件3922個。RTPCR(Reversetranscriptionpolymerasechainreaction)實驗驗證了2個果蠅基因上新識別的可變剪接事件，發(fā)現(xiàn)了全新的剪接異構(gòu)體。本文基于RNASeq數(shù)據(jù)識別到大量的RNA編輯位點和新的可變剪接事件，為進一步了解RNA編輯和可變剪接的機制提供數(shù)據(jù)支持。關(guān)鍵詞：RNASeq，RNA編輯，黑猩猩，可變剪接，黑腹果