基于HMM的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別方法研究.pdf

1、隨著生物信息學(xué)的發(fā)展，全基因組序列不斷被測(cè)序，對(duì)于轉(zhuǎn)錄的研究變得越來(lái)越重要，轉(zhuǎn)錄因子，作為一種重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，它與DNA序列的結(jié)合位點(diǎn)——轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別已經(jīng)成為當(dāng)前的研究熱點(diǎn)。準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)、識(shí)別算法有助于人們識(shí)別不同轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)基因，進(jìn)而研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)在上游調(diào)控區(qū)中的位置對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響。構(gòu)建轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從而指導(dǎo)生物學(xué)研究。是一個(gè)充滿挑戰(zhàn)和價(jià)值的研究方向。 本文提出一種改進(jìn)的方法——基于HMM的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合

2、位點(diǎn)識(shí)別方法。HMM是一種強(qiáng)大的概率模型，它在識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)中已有突出的成績(jī)。本文將HMM與特定類型轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)特征相結(jié)合，利用不同類型的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)在序列上的特性，構(gòu)建新的隱馬爾科夫模型。再結(jié)合堿基保守性判斷約束提高轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別的準(zhǔn)確性。 本文算法的實(shí)現(xiàn)采用的是C++語(yǔ)言，應(yīng)用該方法對(duì)轉(zhuǎn)錄因子存在可疑區(qū)域DNA序列，進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別，文章最后對(duì)算法的實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行了分析，通過(guò)實(shí)驗(yàn)證明了其可行性和