基于生物芯片的系統(tǒng)性檢測差異性表達基因以及構(gòu)建非線性穩(wěn)定網(wǎng)絡(luò).pdf

1、利用芯片數(shù)據(jù)來研究生物系統(tǒng)，其中挑選差異表達基因、篩選穩(wěn)定的差異表達基因和研究這些基因之間的聯(lián)系，從而深入研究生物系統(tǒng)是很重要的和基礎(chǔ)的，但目前沒有比較系統(tǒng)的方法。本文試圖基于生物芯片數(shù)據(jù)，建立一套方法來研究生物系統(tǒng)。
　　 有很多挑選差異表達基因的方法已經(jīng)被發(fā)展出來，它們可以分為三類：參數(shù)、非參數(shù)和Bayesian方法。但是這些已知的方法都忽視了基因之間的非線性相互作用。同時，它們自身具有比較高的假陽性。為了解決這個問題，我發(fā)

2、展出了系統(tǒng)王(SWang)檢驗，它能夠同時利用多個中心矩的信息并潛在的考慮到基因的相互作用，該作用的利用是因為系統(tǒng)王(SWang)檢驗使用了偏度和峰度的信息。為了評估系統(tǒng)王(SWang)，我利用統(tǒng)計模擬和實際數(shù)據(jù)進行驗證。通過統(tǒng)計模擬，與T檢驗、F檢驗、Fold-change和SAM四種方法相比，系統(tǒng)王(SWang)檢驗較低的假陽性和較高的統(tǒng)計功效。在實際數(shù)據(jù)中，系統(tǒng)王(SWang)檢驗可以檢測到其他方法不能檢測到的基因，這些基因的差異

3、主要來源偏度和峰度，通過相關(guān)文獻和RT-PCR得到驗證。
　　 為了研究非線性系統(tǒng)，基于非線性相互作用模型我發(fā)展了變量穩(wěn)定性子集選擇法(VRSC)，通過該方法可以非線性基因相互作用模型中初始表達基因，通過統(tǒng)計模擬知道其統(tǒng)計功效很好，但是假陽性比較高。為了降低其假陽性，我首先利用系統(tǒng)王(SWang)檢驗，然后在利用變量穩(wěn)定性子集選擇法，這樣得到最終結(jié)果可以被認為基因子集包含了初始表達基因。
　　 為了更深入的理解非線性相互

4、作用模型，基于非線性相互作用模型我也發(fā)展了核函數(shù)王非線性相關(guān)系數(shù)(KWNCC)，該相關(guān)系數(shù)同時考慮到了偏度和峰度等信息，統(tǒng)計模擬顯示與其他六種相關(guān)系數(shù)方法，KWNCC能夠比較好的測量非線性相關(guān)系數(shù)。
　　 通過利用本套方法對三個真實基因芯片數(shù)據(jù)分析，結(jié)合網(wǎng)絡(luò)分析進行了相關(guān)實證分析，可以認為這些方法對研究非線性基因相互作用是有效。從而也初步建立一套比較簡單的分析非線性系統(tǒng)的方法和分析流程，這將為生物信息學，尤其是生物芯片研究帶來一