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文檔簡介
1、為了研究西太平洋暖池核心區(qū) Ontong-Java海臺(tái)中微生物群落及多樣性,本研究以PCR技術(shù)為基礎(chǔ),對古菌和細(xì)菌分別構(gòu)建了6個(gè)不同層位的16S rDNA基因克隆文庫。經(jīng) PCR擴(kuò)增、基因序列測序、序列大于或等于97%相似度分析以及序列提交到在線雜合子檢測系統(tǒng)以檢測其是否為雜合子序列;共得到古菌的有效克隆561個(gè),135種RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)帶型和50個(gè)基
2、因操作分類單元(Operational Taxonomic Units,OTUs)。共得到細(xì)菌的有效克隆539個(gè),91種RFLP帶型和62個(gè)OTUs。
通過系統(tǒng)發(fā)育樹的分析得出,本研究中古菌和細(xì)菌的序列與來自各種海洋環(huán)境中的序列有較高的同源性并且絕大多數(shù)是不可培養(yǎng)的。古菌均屬于泉古菌(Crenarchaeota)(45.3%)和廣古菌(Euryarchaeota)(54.7%)。Marine Group II(MG II)(4
3、9.0%)和Marine Group I(MG I)(45.1%)為古菌的優(yōu)勢類群。細(xì)菌包含了8個(gè)不同的類群,包括變形菌門(Proteobacteria)、酸桿菌門(Acidobacteria)、藍(lán)澡門(Cyanobacteria)、擬桿菌門(Bacterioidetes)、綠彎菌門(Chloroflexi)、疣微菌門(Verrucomicrobia)、浮霉菌門(Planctomycetes),以及一個(gè)未確定的類群。其中變形菌門包括 A
4、lpha-(α-)、Gamma-(γ-)和Delta-(δ-)變形菌亞門,在細(xì)菌的研究中Gamma-變形桿菌亞門為絕對優(yōu)勢類群。
香農(nóng)威納指數(shù)(H)、辛普森指數(shù)(1/D)及均勻度(J)等多樣性指標(biāo)和稀釋度曲線圖顯示,古菌克隆文庫的的CWP-A在6個(gè)層位中的多樣性最高,而細(xì)菌OWP-D的多樣性最高。
對西太平洋暖池核心區(qū) Ontong-Java海臺(tái)古菌和細(xì)菌中的群落結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較分析發(fā)現(xiàn),西太平洋暖池核心區(qū) Ontong
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