哺乳動物線粒體DNA本地序列庫的構(gòu)建與環(huán)狀可視化的研究.pdf

1、以計算機為工具，對DNA序列數(shù)據(jù)進行儲存、檢索、分析是生物信息學(Bioinformatics)的基本內(nèi)容。它是當今生命科學和自然科學的重大前沿領(lǐng)域之一。近年來，隨著世界各國對不同物種的序列測定工作逐步深入，測序完成的DNA序列數(shù)目也呈巨量增長。在此過程中，生物信息學研究人員對序列比對分析軟件或比對分析系統(tǒng)也提出了越來越多的針對性需求。如：序列結(jié)構(gòu)可視化、脫機環(huán)境比對分析、專用序列數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建、序列分析程序功能的針對性和界面的友好性等等

2、。這些都成為近年來研究者所關(guān)注的焦點。
　　 在對生物信息學基礎(chǔ)知識和序列比對的算法、專有序列庫的構(gòu)建方式、及國內(nèi)外生物信息學軟件的發(fā)展現(xiàn)狀等內(nèi)容進行了深入學習的前提下，參考和借鑒前人的優(yōu)秀研究成果，本文設計了一種針對哺乳動物線粒體DNA本地序列庫的構(gòu)建方式和對線粒體DNA環(huán)狀分子結(jié)構(gòu)的可視化實現(xiàn)手段。基本過程是：由國際互聯(lián)網(wǎng)基本核酸序列數(shù)據(jù)庫(GenBank、EMBL、DDBJ)[2]上下載哺乳動物線粒體DNA全序列，作為本地

3、庫中的樣本序列，并提取每一個樣本序列的功能域劃分；運行所編制測試程序，將本地庫中所有單個物種序列文件整合生成為一個fasta庫文件；通過編程接口調(diào)用美國國立生物信息中心(NCBI)上的BLAST比對模塊，完成所提交查詢序列與本地庫的同源性比較；最后依據(jù)比對結(jié)果，找出本地序列庫中最大相似序列的功能域劃分記錄，對查詢序列作出可視化的功能域預測。試驗表明，該方法能夠?qū)崿F(xiàn)脫機狀態(tài)下的BLAST比對需求；可以比較準確地預測查詢序列的功能域，并以可