利用SRAP標記、ITS和葉綠體特異序列對紅花種質遺傳基礎初步分析.pdf

1、紅花(CarthamustinctoriusL.)為菊科紅花屬植物,原產埃及,是一種集食用、藥用、染料和飼料為一體的具有廣泛用途的特種油料經(jīng)濟作物。對旱薄地適應性很強,廣泛種植于中亞、西南亞及地中海地區(qū)。
　　本研究采用來自新疆地區(qū)的11個品種、云南地區(qū)的15個品種以及中部省份的8個品種共34個品種的紅花作為供試材料。利用SRAP分子標記、核糖體基因ITS序列、葉綠體基因組間隔區(qū)序列以及流式細胞術測定不同品種基因組值等方法對34個

2、品種的紅花在進行遺傳多樣性研究。探索紅花基因組結構特點及品種之間的親緣關系。研究結果如下:
　　1、SRAP上游引物25條,下游引物37條,共925對引物組合,對云紅0003進行擴增,共篩選出346對具有清晰譜帶的引物組合。隨機選取346對引物中的40對引物組合對34份紅花樣品擴增,觀察到572條清晰譜帶,其中212條具有多態(tài)性。SLT_NTsys2.10軟件對條帶進行分析,遺傳相似系數(shù)(GS)的變化范圍在0.5375和0.941

3、1之間,34個紅花品種可劃分為主要三個類群,類群I包含來自新疆地區(qū)的11個品種;類群II中包含中部省份的8個品種以及2個云南品種;類群III中包含云南省的8個品種;另外有5個云南紅花品種因親緣關系較遠而被單獨劃分開。
　　2、利用33個不同品種紅花基因組DNA為模板進行ITS引物特異性擴增。測序并經(jīng)DNAman軟件編輯后進行BLAST同源序列搜索,測序結果顯示32個品種ITS序列總長為751bp,僅西安紅花和云紅5511分別為75

4、0bp和741bp。對5.8S序列的長度分析表明,其長度均為164bp;32個品種ITS1序列為308bp,僅云紅5511缺失10bp堿基長為298bp;32個品種ITS2序列為279bp,僅西安紅花有1bp堿基缺失,長度為278bp。紅花品種的ITS序列的插入和缺失突變均較少,保持較高的序列長度穩(wěn)定性。ClustalW2軟件ITS序列進行比對分析,33個紅花品種在遺傳距離大于45.69處可分為三個大的類群,只有三個品種被單獨劃分開,類

5、群II還可進一步劃分為兩個小群。研究還發(fā)現(xiàn)ITS序列在紅花品種當中變異較快且類型較多,一些突變位點僅見單個紅花品種,說明這些突變與品種類別有關。
　　3、RNAstructure軟件預測了5.8srRNA、ITS1與ITS2的RNA二級結構,選取預測結果中自由能最小的構型進行分析。結果顯示5.8srRNA二級結構高度保守,僅僅發(fā)現(xiàn)1個品種的二級結構發(fā)生一個短臂的變異;ITS2二級結構類型分為4種構型,其中6個品種為構型I,25個品

6、種為構型II,構型III和構型IV各有1個品種。構型I、II之間主要為C區(qū)臂環(huán)數(shù)量與長短的差異。構型III在A、B、D、E區(qū)構象均有細微改變,整體與I、II差別不大;構型IV改變較大,僅C區(qū)的2條臂較保守,其他區(qū)域與I、II、III有較大差異。在ITS2四種構型中,C區(qū)的臂環(huán)結構體現(xiàn)出一定的保守性。ITS1二級結構相對保守,主要分為1種含有31個品種的主要構型以及2種只有單品種的獨特構型。在ITS1二級結構中,構型III發(fā)生較大的改變,

7、其結構中C、D、E區(qū)的構象與ITS2結構構型I中的B、C、D構象相類似,均為一個短臂結構支撐若干臂環(huán)結構。推測這種存在于間隔區(qū)的近似于“三葉草”的構型可能存在某種構象識別作用,可能與RNA加工過程中剪接復合體識別有關。故ITS1中構型III雖然構象改變很大,但由于跟ITS2結構相似,可能與ITS2采用同一剪接復合體從而完成剪接。
　　ITS序列中5.8srRNA二級結構的高度保守,與其為編碼序列受到選擇壓力大有關;而ITS1、IT

8、S2序列在40S前體rRNA加工過程中被剪切掉,這兩段序列的RNA一級結構通過折疊成二級結構,形成rRNA剪接體的識別區(qū)域,因此ITS在二級結構上較一級結構更為保守,預示著ITS二級結構也蘊含主要的遺傳信息。
　　4、對紅花葉綠體基因組的petN-psbM間隔區(qū)序列與psbM-trnD間隔區(qū)序列進行擴增、測序,ClustalW2軟件進行序列比對。實驗分析表明34個品種petN-psbM序列總長均為655bp,CG含量29.6％-2

9、9.8%,僅在412bp處發(fā)生C-A替換。psbM-trnD序列總長710bp,CG含量37.2%,序列100%保守。兩種序列差異很小,高度保守。與菊科矢車菊屬、菊屬、蒼術屬植物petN-psbM序列進行比對發(fā)現(xiàn),發(fā)現(xiàn)相似度最高為98.63%,最低為89.97%,并且構建了菊科屬間植物系統(tǒng)發(fā)生樹。
　　5、通過流式細胞術測定不同品種紅花基因組值大小。對9個紅花品種進行3次重復實驗共27個樣本進行測定。測定結果顯示9個紅花品種基因值