基于全物種基因數(shù)據(jù)物種樹自動構建系統(tǒng)設計與實現(xiàn).pdf_第1頁
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文檔簡介

1、生物技術發(fā)展日新月異，人們迎來了一個基因的時代，這些前沿生物技術勢必為人類的生活和科學發(fā)展特別是物種研究帶來許多的便利。
　　本文所做的工作包括以下三個方面:
　　首先，全物種基因數(shù)據(jù)的基因樹構建分析系統(tǒng)設計。結合全物種基因數(shù)據(jù)作為數(shù)據(jù)源，利用Blast進行了基因序列對比，然后通過Kimura兩參數(shù)建模，最后利用MEGA快速建立基因樹。實驗結果表明，該系統(tǒng)能夠準確的生成與生物樹拓撲結構較為一致的基因樹，在模型參考上是可靠的。

2、
　　其次，基于多物種溯組模型的生物樹構建研究。為了更加明確生物樹構建的方法，減少生成生物樹與真實生物樹的誤差，本文從引入多物種溯祖分析模型開始，嘗試以系統(tǒng)發(fā)育樹為中心，基因樹與物種樹為指導，找出最合理的生物構建方式。
　　最后，基于STAR模型的，借助BEST和GTR分子進化模型，通過48物種的2245個基因進行驗證。實驗結果表明，STAR模型在全物種大規(guī)?；驍?shù)據(jù)下產(chǎn)生的物種樹結果依然一致，在在某些節(jié)點上，在基因數(shù)據(jù)的增

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