基于線粒體控制區(qū)的商城肥鯢譜系地理學(xué)和保護(hù)遺傳學(xué)研究.pdf

1、商城肥鯢為我國特有的有尾兩棲動(dòng)物，也是大別山區(qū)的特有種，其分布區(qū)極其狹窄。本研究利用Genebank中的商城肥鯢和新疆北鯢的線粒體基因全序列成功設(shè)計(jì)出擴(kuò)增線粒體基因組控制區(qū)(mtDNA D-loop)的引物，并擴(kuò)增了來自大別山區(qū)的白馬尖-鷂落坪-明堂山(BYM)、天堂寨-馬鬃嶺(TM)、康王寨-黃柏山-九峰尖(KHJ)、金剛臺(tái)周邊地區(qū)(JGT)四個(gè)地理種群175個(gè)商城肥鯢樣品的D-loop序列，分析了它的遺傳多樣性、譜系地理學(xué)模式和保護(hù)

2、遺傳學(xué)等方面，得出如下的一些主要成果:
　　(1)商城肥鯢的遺傳多樣性較低在TM種群中，有10個(gè)單倍型，其單倍型多樣性為0.7853±0.0587，核苷酸多樣性為0.0050±0.0034，都顯示較高的遺傳多樣性;而與它相比，在KHJ種群中，僅有2個(gè)單倍型，其單倍型多樣性為0.1079±0.0680，核苷酸多樣性為0.0001±0.0003，都顯示出很低的遺傳多樣性。綜合來看，四個(gè)種群的遺傳多樣性中，TM種群的最高，而KHJ種群的

3、最低，其他兩個(gè)種群居中。另外，總體上與其他瀕危動(dòng)物，如大鯢（Andrias davidianus）等相比，商城肥鯢的遺傳多樣性水平相對(duì)較低。
　　(2)商城肥鯢目前的譜系地理分布格局是源自空島效應(yīng)的結(jié)果經(jīng)系統(tǒng)發(fā)生分析和關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖可以看出商城肥鯢的譜系關(guān)系主要呈南北的分歧，而北方的兩個(gè)種群各是一個(gè)聚類，而南方的兩個(gè)種群分為三個(gè)聚類，最南邊種群的聚類處在三個(gè)聚類的種間位置。這個(gè)結(jié)果也得到其他一些分析的支持，如AMOVA。據(jù)分析，這樣的

4、譜系地理格局是由低海拔區(qū)域的不適應(yīng)的環(huán)境條件對(duì)商城肥鯢的分布造成隔離所形成的，也就是空島效應(yīng)的結(jié)果。
　　(3)商城肥鯢的歷史種群曾遭受冰期的影響錯(cuò)配分布的結(jié)果顯示商城肥鯢四個(gè)種群都沒有呈現(xiàn)出明顯的單峰;但是，種群增長指數(shù)和中性檢驗(yàn)(Tajima's D和Fu's Fs)的結(jié)果都指示部分商城肥鯢種群存在種群擴(kuò)張;BSP分析顯示出商城肥鯢在末次盛冰期活動(dòng)時(shí)間（1.5-2.5萬年）經(jīng)歷了一個(gè)種群波動(dòng)。除此之外，由Beast算出的種群共

5、組時(shí)間(TMRCA)也是在更新世的中期。因此，結(jié)合冰期-間冰期的交替出現(xiàn)所帶來的氣候變化和景觀變化，我們得出商城肥鯢的歷史種群曾遭受更新世冰期的影響。
　　(4)商城肥鯢相關(guān)保護(hù)單元的劃分基于上述的研究結(jié)果我們得出南邊兩個(gè)種群(BMY和TM)應(yīng)視為一個(gè)進(jìn)化顯著單元(ESU)，而北方的兩個(gè)種群(KHJ和JGT)應(yīng)分別視為一個(gè)進(jìn)化顯著單元(ESU);但因南邊兩個(gè)種群之間的隔離已經(jīng)完全形成，所以在確定管理單元(MU)時(shí)應(yīng)分別作為一個(gè)管理