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文檔簡介
1、本實(shí)驗(yàn)對簾蛤目四種蟶類大竹蟶(Solengrandis),長竹蟶(Solenstrictus)和小刀蟶(Cultellusattenuatus)和縊蟶(Sinonovaculaconstricta)的線粒體16SrRNA和COI基因片段部分序列進(jìn)行了比較并對其系統(tǒng)學(xué)進(jìn)行了初步研究。得到的序列總長度分別為470-481bp(16S)和658bp(COI)。采用鄰接法(NJ)和最大簡約法(MP)構(gòu)建分子系統(tǒng)樹。系統(tǒng)分析顯示,采用NJ法和MP
2、法構(gòu)建的系統(tǒng)樹表現(xiàn)出完全相同的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。聚類分析顯示,大竹蟶和長竹蟶聚為一支,小刀蟶和縊蟶聚為一支。四種蟶類線粒體16SrRNA和COI基因在不同種間其明顯的多態(tài)性差異,證實(shí)了16SrRNA和COI基因序列均普遍適用于蟶類種及以上階元的系統(tǒng)學(xué)遺傳多樣性分析。 本文采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)對中國明對蝦(Fenneropenaeuschinensis)乳山灣、海洲灣、朝鮮西海岸和韓國南海4個自然群體78個個體的線粒體細(xì)胞色素
3、氧化酶I(COI)基因部分序列進(jìn)行了擴(kuò)增。PCR產(chǎn)物純化后測序,排序后得到長度為840bp(不含引物)的序列,四個群體平均A,T,G,C含量分別為28.1%、36.8%、16.2%、18.9%,AT含量高于GC含量。MEGA軟件檢測到17個變異位點(diǎn),其中有6個顛換核苷酸位點(diǎn),其余都為轉(zhuǎn)換位點(diǎn),共19種單倍型。4個群體擁有單倍型的數(shù)量相差不多,乳山灣群體、海洲灣群體,朝鮮西海岸群體和韓國南海群體的單倍型數(shù)分別為4個、5個,4個和6個。各群
4、體遺傳距離在0.00066-0.00131之間。在多態(tài)位點(diǎn)數(shù)S、平均核苷酸差異數(shù)K和核苷酸多樣性指數(shù)Pi三個指標(biāo)上,韓國南海群體的值相對較高,朝鮮西海岸群體次之,其次為海洲灣群體,乳山灣群體最低。用AMOVA軟件計(jì)算出群體間差異為13.63%,群體內(nèi)部差異為87.37%,表明主要的遺傳變異來自于群體內(nèi)部。P值檢驗(yàn)結(jié)果表明,中國明對蝦乳山灣群體和海洲灣群體沒有明顯的遺傳分化,韓國南海群體和其它三個群體有顯著的遺傳分化,利用COI序列構(gòu)建的
5、UPGMA分子系統(tǒng)樹顯示各群體沒有明顯的聚類。結(jié)果表明4個群體中以韓國南海群體的遺傳多樣性最高,其次為朝鮮西海岸群體和海洲灣群體,乳山灣群體群體的遺傳多樣性最低。從整體水平來看,中國明對蝦群體的遺傳多樣性水平偏低。 本研究對取自福建沿海地區(qū)的日本囊對蝦的COI基因序列進(jìn)行了PCR擴(kuò)增,得到了850bp左右的清晰帶,COI序列排序后長度為858bp(不含引物),A,T,G,C含量分別為27.1%、36.1%、16.7%、20.1%
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