61種克雷伯氏菌K-抗原合成基因簇的生物信息學(xué)分析.pdf

1、克雷伯氏菌為腸桿菌科中一類有莢膜的革蘭氏陰性桿菌，在人類呼吸道、腸道、動(dòng)物腸道中最為常見(jiàn)。常常引起人類多種疾病，尤其是肺炎克雷伯氏菌;也是自然界水和土壤中的機(jī)會(huì)致病菌。經(jīng)過(guò)研究顯示莢膜多糖是克雷伯氏菌屬重要的致病因子之一。前期用本Illumina Genome AnalyserⅡx高通量測(cè)序儀測(cè)序了62株克雷伯氏菌的全基因組序列。本工作將序列拼接后，從中提取和K抗原合成有關(guān)的基因簇序列并預(yù)測(cè)基因的功能。這些基因被分成和抗原單體轉(zhuǎn)運(yùn)和調(diào)控

2、相關(guān)的基因、單糖合成酶基因、寡糖單位處理酶基因wzx、wzy、起始的糖基轉(zhuǎn)移酶基因(IT)、糖基轉(zhuǎn)移酶基因(GT)、糖修飾酶基因包括丙酮酸轉(zhuǎn)移酶基因(wcaK)和?；D(zhuǎn)移酶基因以及其他基因幾類?；虼匾话愫?5到25個(gè)ORFs，由galF起始ugd結(jié)束。所有的基因簇中都有g(shù)alF、acidPPc、wza、wzb、wzc、gnd和ugd基因，大部分有wzi基因?？死撞暇褱y(cè)定的K抗原結(jié)構(gòu)中只有幾種常見(jiàn)的糖，除了galE、manA、ga

3、lU幾個(gè)基因，其他單糖合成酶基因都存在于相應(yīng)的基因簇內(nèi)。幾乎每種基因簇內(nèi)都含有wzx和wzy基因，說(shuō)明該屬的K抗原大部分甚至全部都通過(guò)Wzx/Wzy途徑聚合并運(yùn)輸?shù)桨獾?。每種基因簇內(nèi)都含有起始的糖基轉(zhuǎn)移酶wbaP或wcaJ中的一個(gè)。在61種基因簇內(nèi)，共發(fā)現(xiàn)244個(gè)GTs。根據(jù)GTs的蛋白序列相似性和抗原結(jié)構(gòu)的相似性，共預(yù)測(cè)了126個(gè)GTs的功能。通過(guò)以上的整體分析，使更加清晰的了解了克雷伯氏菌K抗原的合成過(guò)程以及遺傳多樣性，為研究屬內(nèi)