基于殘基相似性和位置差異的密碼子置換模型及其應用.pdf

1、生物信息學是一門新興交叉學科，其研究涉及到數(shù)學、生物學和計算機等學科的知識.系統(tǒng)發(fā)生分析作為生物信息學的重要研究內(nèi)容之一，主要是利用概率統(tǒng)計方法對生物進化關系進行推斷和評估.在系統(tǒng)發(fā)生分析中常以概率置換模型來描述生物數(shù)據(jù)單元的進化過程.最初，概率置換模型是以核苷酸或氨基酸為數(shù)據(jù)分類單元的.20世紀90年代以來，結合核苷酸替換信息的密碼子置換模型受到了越來越多的學者的關注，并得到了廣泛的應用.
　　本文主要研究了考慮氨基酸相似性和密

2、碼子三個位置差異的密碼子置換模型.考慮到將氨基酸的信息融入到置換模型中的可行性，本文第二章提出了兩個基于氨基酸相似性的密碼子置換模型，第一個模型考慮密碼子中單個核酸位置的相繼置換，第二個模型進一步包含了在一個密碼子中三個核苷酸位置發(fā)生多于一個置換的情況.我們利用連續(xù)時間的馬爾可夫過程來描述密碼子間的置換，通過極大似然法對模型的參數(shù)進行估計，最后將新模型應用到三個真實的數(shù)據(jù)集，并與原有模型進行比較來分析新模型對數(shù)據(jù)的適應性.結果表明新模型