freesurfer 操作

1、皮層厚度和表面積（皮層厚度和表面積（surfacearea）——Freesurfer分析方法分析方法預(yù)備階預(yù)備階段：段：1打開終端，輸入指令，打開打開tschtcshsetenvFREESURFER_HOMEusrlocalfreesurfersource$FREESURFER_HOMESetUpFreeSurfer.cshsetenvTUTIAL_DATAmedia8498B05D98B05002DATAfscyhsetenvSUBJ

2、ECTS_DIR$TUTIAL_DATAcd$SUBJECTS_DIR2Reconallreconallissdallreconalli66540045sstudyall文件文件夾名配準(zhǔn)配準(zhǔn)tkregister2mgzsstudy1fstalsurfig查看看分割看看分割結(jié)果lessaseg.stats通過這個命令可以得到通過這個命令可以得到：SegmentationIdNumberofVoxelsVolumeStructureName

3、IntensitynmMeanIntensitynmStdDevIntensitynmMinIntensitynmMaxIntensitynmRangefeachentryinthetable.二、組分析二、組分析下列命令是將要分析的多個被試的數(shù)據(jù)整合到一個表中以便于查閱。下列命令是將要分析的多個被試的數(shù)據(jù)整合到一個表中以便于查閱。1將被試文件夾設(shè)定為當(dāng)前路徑將被試文件夾設(shè)定為當(dāng)前路徑setenvSUBJECTS_DIR$TUTIAL_

4、DATAbuckner_datatutial_subjsgroup_analysis_tutialcd$SUBJECTS_DIR2.Tableofsegmentationvolumes（以六個被試為例）以六個被試為例）用六個被試的數(shù)據(jù)創(chuàng)制一個用六個被試的數(shù)據(jù)創(chuàng)制一個Tableofsegmentationvolumesasegstats2tablesubjects004021040067080092segno111718tablefile

5、aseg.vol.table其中其中111718分別是分別是leftcaudatelefthippocampus和leftamygdala的數(shù)字代碼。如果要做包含全部標(biāo)簽的表格，可以省去的數(shù)字代碼。如果要做包含全部標(biāo)簽的表格，可以省去segno111718，如果要制其他區(qū)域的表格，可在附錄查找相應(yīng)區(qū)域的代碼。，如果要制其他區(qū)域的表格，可在附錄查找相應(yīng)區(qū)域的代碼。這一指令運(yùn)行好會輸出一個名為這一指令運(yùn)行好會輸出一個名為aseg.vol.t

6、ableaseg.vol.table的文件。這個文件包含了上面所有被試的的文件。這個文件包含了上面所有被試的相應(yīng)結(jié)構(gòu)的信息。這些信息可以導(dǎo)入電子表格軟件作進(jìn)一步分析。用相應(yīng)結(jié)構(gòu)的信息。這些信息可以導(dǎo)入電子表格軟件作進(jìn)一步分析。用ls命令可以看到這個命令可以看到這個asaseg.vol.tableeg.vol.table文件。用下面命令可查看其內(nèi)容。文件。用下面命令可查看其內(nèi)容。lessaseg.vol.table要將這個導(dǎo)入表格，運(yùn)行下

7、面指令：要將這個導(dǎo)入表格，運(yùn)行下面指令：gnumericaseg.vol.table注意：注意：gnumeric命令只在命令只在linux上有效。蘋果用戶用不同的指令。上有效。蘋果用戶用不同的指令。3.Tableofsegmentationmeanintensities平均密度表平均密度表該部分旨在說明如何改變測量的對象。該部分旨在說明如何改變測量的對象。asegstats2tablesubjects004021040067080092