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1、基礎(chǔ)生物化學(xué)習(xí)題(上)基礎(chǔ)生物化學(xué)習(xí)題(上)第一章第一章蛋白質(zhì)一、知識(shí)要點(diǎn)(一)氨基酸的結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)是重要的生物大分子,其組成單位是氨基酸。組成蛋白質(zhì)的氨基酸有20種,均為α氨基酸。每個(gè)氨基酸的α碳上連接一個(gè)羧基,一個(gè)氨基,一個(gè)氫原子和一個(gè)側(cè)鏈R基團(tuán)。20種氨基酸結(jié)構(gòu)的差別就在于它們的R基團(tuán)結(jié)構(gòu)的不同。根據(jù)20種氨基酸側(cè)鏈R基團(tuán)的極性,可將其分為四大類(lèi):非極性R基氨基酸(8種);不帶電荷的極性R基氨基酸(7種);帶負(fù)電荷的R基氨基酸(2種
2、);帶正電荷的R基氨基酸(3種)。(二)氨基酸的性質(zhì)氨基酸是兩性電解質(zhì)。由于氨基酸含有酸性的羧基和堿性的氨基,所以既是酸又是堿,是兩性電解質(zhì)。有些氨基酸的側(cè)鏈還含有可解離的基團(tuán),其帶電狀況取決于它們的pK值。由于不同氨基酸所帶的可解離基團(tuán)不同,所以等電點(diǎn)不同。除甘氨酸外,其它都有不對(duì)稱(chēng)碳原子,所以具有D型和L型2種構(gòu)型,具有旋光性,天然蛋白質(zhì)中存在的氨基酸都是L型的。酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸具有紫外吸收特性,在280nm處有最大吸收值,
3、大多數(shù)蛋白質(zhì)都具有這些氨基酸,所以蛋白質(zhì)在280nm處也有特征吸收,這是紫外吸收法定量測(cè)定蛋白質(zhì)的基礎(chǔ)。氨基酸的α羧基和α氨基具有化學(xué)反應(yīng)性,另外,許多氨基酸的側(cè)鏈還含有羥基、氨基、羧基等可解離基團(tuán),也具有化學(xué)反應(yīng)性。較重要的化學(xué)反應(yīng)有:(1)茚三酮反應(yīng),除脯氨酸外,所有的α氨基酸都能與茚三酮發(fā)生顏色反應(yīng),生成藍(lán)紫色化合物,脯氨酸與茚三酮生成黃色化合物。(2)Sanger反應(yīng),αNH2與24二硝基氟苯作用產(chǎn)生相應(yīng)的DNB氨基酸。(3)E
4、dman反應(yīng),αNH2與苯異硫氰酸酯作用產(chǎn)生相應(yīng)的氨基酸的苯氨基硫甲酰衍生物(PIT氨基酸)。Sanger反應(yīng)和Edmen反應(yīng)均可用于蛋白質(zhì)多肽鏈N端氨基酸的測(cè)定。氨基酸通過(guò)肽鍵相互連接而成的化合物稱(chēng)為肽,由2個(gè)氨基酸組成的肽稱(chēng)為二肽,由3個(gè)氨基酸組成的肽稱(chēng)為三肽,少于10個(gè)氨基酸肽稱(chēng)為寡肽,由10個(gè)以上氨基酸組成的肽稱(chēng)為多肽。(三)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)是具有特定構(gòu)象的大分子,為研究方便,將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分為四個(gè)結(jié)構(gòu)水平,包括一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)
5、構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和四級(jí)結(jié)構(gòu)。一般將二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和四級(jí)結(jié)構(gòu)稱(chēng)為三維構(gòu)象或高級(jí)結(jié)構(gòu)。一級(jí)結(jié)構(gòu)指蛋白質(zhì)多肽鏈中氨基酸的排列順序。肽鍵是蛋白質(zhì)中氨基酸之間的主要連接方式,即由一個(gè)氨基酸的α氨基和另一個(gè)氨基酸的α之間脫去一分子水相互連接。肽鍵具有部分雙鍵的性質(zhì),所以整個(gè)肽單位是一個(gè)剛性的平面結(jié)構(gòu)。在多肽鏈的含有游離氨基的一端稱(chēng)為肽鏈的氨基端或N端,而另一端含有一個(gè)游離羧基的一端稱(chēng)為肽鏈的羧基端或C端。蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)是指多肽鏈骨架盤(pán)繞折疊所形成
6、的有規(guī)律性的結(jié)構(gòu)。最基本的二級(jí)結(jié)構(gòu)類(lèi)型有α螺旋結(jié)構(gòu)和β折疊結(jié)構(gòu),此外還有β轉(zhuǎn)角和自由回轉(zhuǎn)。右手α螺旋結(jié)構(gòu)是在纖維蛋白和球蛋白中發(fā)現(xiàn)的最常見(jiàn)的二級(jí)結(jié)構(gòu)每圈螺旋含有3.6個(gè)氨基酸殘基,螺距為0.54nm螺旋中的每個(gè)肽鍵均參與氫鍵的形成以維持螺旋的穩(wěn)定。β折疊結(jié)構(gòu)也是一種常見(jiàn)的二級(jí)結(jié)構(gòu),在此結(jié)構(gòu)中,多肽鏈以較伸展的曲折形式存在,肽鏈(或肽段)的排列可以有平行和反平行兩種方式。氨基酸之間的軸心距為0.35nm相鄰肽鏈之間借助氫鍵彼此連成片層結(jié)構(gòu)
7、。結(jié)構(gòu)域是介于二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)之間的一種結(jié)構(gòu)層次,是指蛋白質(zhì)亞基結(jié)構(gòu)中明顯分開(kāi)的緊密球狀結(jié)構(gòu)區(qū)域。分子帶負(fù)電荷,pH小于pI時(shí),蛋白質(zhì)帶正電荷,pH等于pI時(shí),蛋白質(zhì)所帶凈電荷為零,此時(shí)溶解度最小。蛋白質(zhì)分子表面帶有許多親水基團(tuán),使蛋白質(zhì)成為親水的膠體溶液。蛋白質(zhì)顆粒周?chē)乃ぃㄋ瘜樱┮约胺堑入姞顟B(tài)時(shí)蛋白質(zhì)顆粒所帶的同性電荷的互相排斥是使蛋白質(zhì)膠體系統(tǒng)穩(wěn)定的主要因素。當(dāng)這些穩(wěn)定因素被破壞時(shí),蛋白質(zhì)會(huì)產(chǎn)生沉淀。高濃度中性鹽可使蛋白質(zhì)
8、分子脫水并中和其所帶電荷,從而降低蛋白質(zhì)的溶解度并沉淀析出,即鹽析。但這種作用并不引起蛋白質(zhì)的變性。這個(gè)性質(zhì)可用于蛋白質(zhì)的分離。蛋白質(zhì)受到某些物理或化學(xué)因素作用時(shí),引起生物活性的喪失,溶解度的降低以及其它性質(zhì)的改變,這種現(xiàn)象稱(chēng)為蛋白質(zhì)的變性作用。變性作用的實(shí)質(zhì)是由于維持蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)的次級(jí)鍵遭到破壞而造成天然構(gòu)象的解體,但未涉及共價(jià)鍵的斷裂。有些變性是可逆的,有些變性是不可逆的。當(dāng)變性條件不劇烈時(shí),變性是可逆的,除去變性因素后,變性蛋白
9、又可從新回復(fù)到原有的天然構(gòu)象,恢復(fù)或部分恢復(fù)其原有的生物活性,這種現(xiàn)象稱(chēng)為蛋白質(zhì)的復(fù)性。(六)測(cè)定蛋白質(zhì)分子量的方法1凝膠過(guò)濾法凝膠過(guò)濾法分離蛋白質(zhì)的原理是根據(jù)蛋白質(zhì)分子量的大小。由于不同排阻范圍的葡聚糖凝膠有一特定的蛋白質(zhì)分子量范圍,在此范圍內(nèi),分子量的對(duì)數(shù)和洗脫體積之間成線(xiàn)性關(guān)系。因此,用幾種已知分子量的蛋白質(zhì)為標(biāo)準(zhǔn),進(jìn)行凝膠層析,以每種蛋白質(zhì)的洗脫體積對(duì)它們的分子量的對(duì)數(shù)作圖,繪制出標(biāo)準(zhǔn)洗脫曲線(xiàn)。未知蛋白質(zhì)在同樣的條件下進(jìn)行凝膠層
10、析,根據(jù)其所用的洗脫體積,從標(biāo)準(zhǔn)洗脫曲線(xiàn)上可求出此未知蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)的分子量。2SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳法蛋白質(zhì)在普通聚丙烯酰胺凝膠中的電泳速度取決于蛋白質(zhì)分子的大小、分子形狀和所帶電荷的多少。SDS(十二烷基磺酸鈉)是一種去污劑,可使蛋白質(zhì)變性并解離成亞基。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)樣品中加入SDS后,SDS與蛋白質(zhì)分子結(jié)合,使蛋白質(zhì)分子帶上大量的強(qiáng)負(fù)電荷,并且使蛋白質(zhì)分子的形狀都變成短棒狀,從而消除了蛋白質(zhì)分子之間原有的帶電荷量和分子形狀的差異。這樣電泳
11、的速度只取決于蛋白質(zhì)分子量的大小,蛋白質(zhì)分子在電泳中的相對(duì)遷移率和分子質(zhì)量的對(duì)數(shù)成直線(xiàn)關(guān)系。以標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)分子質(zhì)量的對(duì)數(shù)和其相對(duì)遷移率作圖,得到標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn),根據(jù)所測(cè)樣品的相對(duì)遷移率,從標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)上便可查出其分子質(zhì)量。3沉降法(超速離心法)沉降系數(shù)(S)是指單位離心場(chǎng)強(qiáng)度溶質(zhì)的沉降速度。S也常用于近似地描述生物大分子的大小。蛋白質(zhì)溶液經(jīng)高速離心分離時(shí),由于比重關(guān)系,蛋白質(zhì)分子趨于下沉,沉降速度與蛋白質(zhì)顆粒大小成正比,應(yīng)用光學(xué)方法觀察離心過(guò)程中蛋
12、白質(zhì)顆粒的沉降行為,可判斷出蛋白質(zhì)的沉降速度。根據(jù)沉降速度可求出沉降系數(shù),將S帶入公式,即可計(jì)算出蛋白質(zhì)的分子質(zhì)量。二、習(xí)題(一)名詞解釋1兩性離子(dipolarion)2必需氨基酸(essentialaminoacid)3等電點(diǎn)(isoelectricpointpI)4稀有氨基酸(rareaminoacid)5非蛋白質(zhì)氨基酸(nonproteinaminoacid)6構(gòu)型(configuration)7蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)(protei
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