生物信息學數(shù)據(jù)庫-遵義醫(yī)學院珠海校區(qū)

1、生物信息學數(shù)據(jù)庫,序列數(shù)據(jù)庫 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫生物信息學數(shù)據(jù)庫的種類 圖譜數(shù)據(jù)庫 突變數(shù)據(jù)庫 文獻數(shù)據(jù)庫

2、 專業(yè)雜志生物信息學數(shù)據(jù)庫的查找方法 專門數(shù)據(jù)庫目錄的網(wǎng)站 著名的生物信息學中心參見教材p227--p242,,,NCBI數(shù)據(jù)庫組織,一、NCBI中的生物信息數(shù)據(jù)庫,1）、PubMed： 生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫2）、Nucleotide：核酸序列數(shù)據(jù)庫3）、Protein sequence d

3、atabase： 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫4）、Senome： 大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫5）、Genome： 完整的基因組數(shù)據(jù)6）、PopSet： 人口研究數(shù)據(jù)集7）、OMIM： 人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫,8）、Taxonomy： Genbank中的物種分類學數(shù)據(jù)庫9）、Structure：分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫10）、SNP：單核苷酸多肽性數(shù)據(jù)庫11）、Books：

4、 在線生物醫(yī)學圖書,,所有數(shù)據(jù)庫,例： 在Nucleotide核酸數(shù)據(jù)庫中檢索牛冠狀病毒的序列信息。 牛冠狀病毒 bovine coronavirus,,,Nucleotide核苷酸數(shù)據(jù)庫,bovine coronavirus,,本庫利用,本庫工具,其它資源,核苷酸數(shù)據(jù)庫序列來源于GenBank中的RefSeq，TPA和PDB?；蚪M，基因和轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù)為生物醫(yī)學研究和發(fā)現(xiàn)的基礎(chǔ)。,,牛冠狀病毒全基因組,結(jié)

5、果分類,按數(shù)量多少列出的生物類別,,序列存儲號,存儲號、定義、入口、版本、來源等詳細描述,,不同庫的顯示格式,,FASTA格式顯示全序列,Graphics格式,,Display Setting 顯示格式,,,Send to保存格式,二、序列相似性搜索工具,是用來查找序列之間的同源序列的工具，可以明確序列之間相似性的大小。BLAST：美國NCBI（國家生物技術(shù)信息中心）支持。 FASTA：是英國EBI（生物信息

6、研究所）負責維護。,BLAST：堿基局部對準檢索工具 Basic Locul Alignment Search Tool 可進行核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列方面的同源性分析，能在8秒內(nèi)在整個DNA數(shù)據(jù)庫中進行序列比較。,,入口,,不同項目的檢索,最近檢索結(jié)果,檢索策略保存,幫助,檢索物種分類,在核苷酸數(shù)據(jù)庫中檢索核苷序列,在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中檢索蛋白質(zhì)序列,用翻譯的核苷酸序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中檢

7、索,用蛋白質(zhì)序列在翻譯的核苷酸數(shù)據(jù)庫中檢索,用翻譯過來的核苷在核苷翻譯庫中檢索,用法學習,檢索方法,例：對“人胰島素cDNA序列”進行相似性分析步驟：先檢索出cDNA核苷酸序列用FASTA格式顯示將FASTA格式全選后粘貼于BLAST檢索框中選擇分析用的數(shù)據(jù)庫點擊BLAST進行比較,,,,,,,,,,序列存貯號,描述說明,,,序列,,,,檢索框：用來粘貼FASTA格式,可限定對比起始位置，長度,人類基因庫,老鼠基因庫,其

8、他數(shù)據(jù)庫,粘貼FASTA格式,,,比較結(jié)果頁面,彩色積分圖,序列相似描述,存貯號,檢索范圍,積分,描述,E值統(tǒng)計,鏈接,序列對準描述,相似率為100%,,三、基因組數(shù)據(jù)庫,1、Genome：可獲得800多種生物體的基因組數(shù)據(jù)，部分已完成測序。2、人類基因組資源：human genome resources 整合了多種相關(guān)的分子生物學數(shù)據(jù)庫和公共分析軟件，為科研人員提供了自動化的實驗數(shù)據(jù)獲得、加工和整理途徑，

9、為基因區(qū)域的預測和基因功能預測提供了一系列便捷的方法。,,,,入口1入口2,檢索框空白,,,,,使用幫助,擴展資源,本庫工具,其他資源,常用資源,注釋和分析,,,四、OMIM孟德爾人類遺傳學數(shù)據(jù)庫,OMIM：Online Mendelian Inheritance in Man此庫是關(guān)于人類基因和遺傳性疾病的數(shù)據(jù)庫，適合關(guān)注遺傳疾病的醫(yī)生和科研人員,,,檢索框空白，不填入任何內(nèi)容,,,,,di

10、abetes,順序號中第1位數(shù)字表示所涉及基因的遺傳類型：1：常染色體顯性（1994.5.15前創(chuàng)建）2：常染色體隱性（1994.5.15前創(chuàng)建）3：X連鎖基因座或表現(xiàn)型4：Y連鎖基因座或表現(xiàn)型5：線粒體基因座或表現(xiàn)型6：常染色體基因座或表現(xiàn)型（1994.5.15后創(chuàng)建的條目）,,題名 順序號 等位基因的變化,原文 參考文獻 臨床癥狀,基因圖異常

11、 投稿者,順序號前綴的含義,結(jié)果記錄只包含,條目創(chuàng)建時間,條目最后修正時間,,此頁為早期頁面，但較好地解釋了各種前綴的含義等,,結(jié)果原文,基因圖位置,五、Taxonomy---分類學,即生物學門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學門類進行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。,,,Taxonomy入庫二,Taxonomy入口一,,本庫工具,其他資源,使用幫助,,檢索方法,1、分類瀏覽 Taxonomy browse

12、r 最高級類目名稱,,Browser 瀏覽,常用分子生物研究,檢索區(qū),分類,,古生物,細菌,真核生物,類病毒,病毒,未分類物種,其他,,,,系統(tǒng)默認3級分類級別,,,點擊進入,顯示該物種在這些數(shù)據(jù)庫中的文獻量,存儲序號,類別,基因碼,同義詞,類別,在Taxonomy數(shù)據(jù)庫中的文獻,作者鏈接，點擊進入pubmed,,檢索方法,2、關(guān)鍵詞查詢,,,輸入生物體名稱或生物門類，如hepatitis b virus

13、或 proifera,完整名稱通配符模糊檢索 口語中的名稱分類序號,,,,,,,檢索方法,3、直接用生物體名稱列表查詢,,,點擊下列名稱，直接檢索具體生物體的樹狀結(jié)構(gòu),,六、Structure,也稱大分子三維數(shù)據(jù)庫(MMDB)，包含來自X線晶體學和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB(Protein Data Bank)獲得。對結(jié)構(gòu)的闡述較PDB詳細，更多的是比較結(jié)構(gòu)的相似性及親緣關(guān)系。,,Str

14、ucture,,本庫工具,其他資源,使用幫助等,Cn3d閱讀器,,,Install安裝方法一,Windows安裝方法二,,Tutorial學習指南,,,,Download Cn3d方法三,下半頁,,點擊下載、安裝,檢索方法,1、關(guān)鍵詞檢索 直接輸入檢索的蛋白質(zhì)名稱，然后GO2、登記號檢索 前提是已經(jīng)知道PDB或MMDB的登記號,例:檢索PTEN的結(jié)構(gòu)圖,名稱,3D結(jié)構(gòu)圖，點擊直接下載,在MMDB